如何绘制某个染色体的某一段区域的基因结构图

画图网站http://gsds.gao-lab.org/

本文主要讲bed文件的制作，记录一下绘图的过程，命令行可能会有更简洁的方式

首先确定自己要绘图的物种以及区间的位置

• 物种：chicken
• 染色体：1
• 区间： 92600001-92900000

制作该区间的bed文件

#1.先下载某一个版本的鸡的基因组注释文件
#2.进入存放注释文件的目录下输入下面的命令  具体的我就不解释这么详细了，看代码自己理解
grep -v "#" Gallus_gallus.GRCg6a.101.gtf |grep -E "CDS|utr"|awk '$1==1{print$0}'|awk '$5>=92600001&&$4<=92900000{print$0}'|sed "s/\"/\t/g"|awk '{print $16"\t"$4"\t"$5"\t"$3}'|awk '{print $1"\t"$2-92600001"\t"$3-92600001"\t"$4}'|sed "s/five_prime_utr/UTR/g"|sed "s/three_prime_utr/UTR/g"

• 输入数据如下

  
  NNQ{46B`JY$}`$1ZF03DYKB.png

• 图像如下

  
  image.png

该图是转录本的结构图，可以用SVG编辑器对图片进行美化

image.png