R中的各种错误

Q:安装包的时候显示各种Permission denied，如无法实现库文件的移动等
A:一般在windows下容易出现，可以将R退出后，使用管理员权限打开R，然后重新安装

Q：安装包时无法移除原来的旧包的信息
A：这种情况有可能是安装程序时当前环境在使用需要更新的包的信息，因此存在占用情况。有三种解决办法，一种是通过detach函数将包卸除环境，然后再重新安装，另一种方法是重启R，还有一种是手动找到R中包的安装路径，将该包手动删除（一般需要重启R，不然会提示包被占用无法删除）

Q:报错：'namespace:BiocSingular'没有出口‘bsparam’这个对象
A：该提示为不存在BiocSingular这个包，从cran或bioconductor下载安装即可

Q：

"Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'normalize_names_replacement_value' not found".

A:该问题只在安装SummarizedExperiment包的时候会出现，在GitHub上有类似的讨论https://github.com/Bioconductor/SummarizedExperiment/issues/37 ，根据描述，貌似是有一个数据格式已经弃用，但是部分旧包没有更新导致的冲突，我没有找到那些旧包支持这类对象，因此使用biocmanager:install()更新了所有的biocductor包，最后解决了问题

Q:安装某个包报错：objects ‘open.ff’, ‘close.ff’ are not exported by 'namespace:ff' 模式为：object "XXX" is not exported by "namespace:viridisLite"
A：方法一、更新包viridisLite，然后再安装，install.packages("viridisLite")
方法二、更新R，有可能是因为R版本问题导致包不兼容，https://d.cosx.org/d/421800-oligo/2
方法三、R包降级，从cran中选择适合低版本R的包版本，然后下载https://community.rstudio.com/t/unable-to-install-bioconductor-package/75223/5