R包安装

作者: 不会生信哟 | 来源:发表于2020-11-20 10:44 被阅读0次

    杀杀
    -R语言安装R包是基础技能,但是由于版本问题或者网络问题经常发生各种各样的错误,导致我经!常!很!崩!溃!
    -所以我必得总结一下各种各样的装包方法,以后轻松装包不是梦

    % 一般情况下,最简单的方法

    install.packages("ggplot2")  ##随便举个例子(最喜欢的包嘻嘻)
    

    安装成功后显示
    package 'ggplot2' successfully unpacked and MD5 sums checked
    然后

    library(ggplot2)   ##加载它,然后就可以用辣
    

    % 但是但是,很多情况下有可能装不上!
    R提示:
    Warning message:
    "package '你要的包' is not available for this version of R
    这时候可以换一个方法

    if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
        install.packages("BiocManager")
    BiocManager::install("ggplot2")  ##这边是要装的包的名字
    

    还有一种代码有时候别的方式装不上包的时候也很好用!
    引自:https://www.cnblogs.com/iceywu/p/12055090.html

    site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
    package_list = c("rlang")
    for(p in package_list){
        if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
            install.packages(p, repos=site)
            suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
        }
    }
    

    我觉得用这三个方法可以安装大部分(我觉得有80%)的包,有时候一时装不上,但是同样的方法别人装上了,很有可能是网络问题,不急的话可以隔天再试

    当然还有几个比较少用的方法嘻嘻
    % 比如d3heatmap这个包我怎么装都装不上
    最后用了这种方法

    if (!require("devtools")) install.packages("devtools")
    devtools::install_github("rstudio/d3heatmap")
    

    但是中间有一次报错
    Warning: cannot remove prior installation of package 'testthat'
    这意思是先前安装的testthat包无法删除,所以得手动删除这个包
    所以需要先找到R包的安装路径

    .libPaths()  ##查看R包安装路径
    

    按照给的路径进入文件夹,删除了testthat这个文件夹
    然后重新运行上面的装包代码,就成功了!!

    % 还有回路清奇一些的方法

    https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html#available-packages-D
    

    这个网址里包括了大部分的R包的压缩文件下载链接,可以按照英文字母顺序查找,比如我需要找ggplot2


    进入ggplot2界面之后,找到package source,把包下下来! 可以下到桌面,因为用完就可以删了
    然后打开你的Rstudio,按照图中的步骤直接安装本地文件

    第二步就是选择你的压缩包,所以放在桌面比较方便找
    确保安装成功了这个压缩包就可以回收站了



    当然这个方法也是有可能失败的,总结了一下主要的原因都是一些依赖的包没装上
    比如我在本地安装一个包的时候,给了had non-zero exit status这样的报错
    主要原因就是上面深绿色括号里的依赖包都没装上,装上就完事了

    %%顺便附上批量安装R包的代码,有一堆包要装的时候就不要一行一行写了

    install.packages(c("ggplot2","np","spdep"))  ##方法1
    BiocManager::install(c("ggplot2", "np"))  #方法2
    

    不过按照上面的网址找包还是略带一丝麻烦的,这里丢个网址

    https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html
    

    ggplot2那个地方可以换成你要装的包,这样就可以直接进去这个包的下载网页了
    当然也有比较复杂的情况,比如d3heatmap这个包,在这个网页里就是找不到的,这时候用的是另一个网址

    https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/d3heatmap/
    

    我也不知道为啥
    不过以上方法基本上能满足所有的装包需求(在网络正常的情况下)

    %%小tip,上面记录的下载包到本地的方法,其实只要知道下载的网址,是可以用代码完成的

    如图复制文件链接,然后替换下面代码中的网址(直接在Rstudio里操作也是莫得问题)

    install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/ggplot2_3.3.2.tar.gz",repos=NULL)
    

    祝大家装包顺利啦~

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