samtools使用介绍：

编者按

samtools也是生物信息从业人员必须掌握的一个工具，二代测序几乎每个分析流程等中都要用到samtools工具，因为比对得到的都是sam或bam格式文件，而samtools是处理这种格式文件的最佳工具，可以对该格式文件进行多种处理。

一、功能分类： 

处理sam或bam格式文件

二、软件官网：

http://www.htslib.org/

三、软件介绍:

bam比对之后的结果不能直接用于下游的数据处理，需要进行很多处理。主要包括转换为bam，排序，合并不同lane的数据，对bam文件加头部信息等。

四、下载安装： 

需要首先安装htslib

git clone https://github.com/samtools/samtools.git

./configure           # Neededforchoosing optional functionality

make

make install

五、软件使用： 

samtools主要包含以下几大功能：

Indexing 建立索引，

Editing 编辑文件，

File operations，

Statistics，统计相关功能；

Viewing，查看，

六、使用案例： 

案例一：sam和bam格式转换

samtools view -Sb -o A1.bam A1.sam

samtools view -Sb -o B1.bam B1.sam

七、注意事项：

1、自行学习sam或bam文件格式

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format5.1