R语言绘图（ggplot2、ggpurb）从入门到精通06--柱

本系列课程要求大家有一定的R语言基础，对于完全零基础的同学，建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。

本次课程所用的配套书籍是：《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本图形外，师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制，还不赶紧加入收藏夹，跟着师兄慢慢学起来吧！

第二章：柱状图深入探究

• 调整条形的宽度和间距：

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## 调节条形的宽度和间距（width参数）：
Library(cookbook)
# width默认是0.9;
ggplot(pg_mean, aes(x=group, y=weight)) + 
  geom_bar(stat="identity")

ggplot(pg_mean, aes(x=group, y=weight)) +
  geom_bar(stat="identity", width=0.5) 

# width最大值只能设置为1；
ggplot(pg_mean, aes(x=group, y=weight)) + 
  geom_bar(stat="identity", width=1)

## 调节分组条形图之间的间距：
# 默认的同一分组之间的条形是没有间距的：
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
  geom_bar(stat ="identity", width=0.5, position= "dodge")

# 只需要将position_dodge参数设置的比width参数大一些就好了！
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar)) + 
  geom_bar(stat="identity", width=0.5, position = position_dodge(0.7))

# 思考：position_dodge有什么含义？为什么比width大就会有间隙？

# 因为默认的position_dodge()里的内容一定是和width相等的，
# 当position_dodge为0的时候，两个柱子会重合；
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar)) + 
  geom_bar(stat="identity", width=0.5, position = position_dodge(0.3))

• 堆积柱状图拓展：

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## 堆积柱状图：
# position的默认值为stack；
# 即如果不设置position，并且设置了分组变量，就是画堆积图；
Library(cookbook)# For the data set 
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar)) + 
  geom_bar(stat="identity")

# 修改图例堆积的顺序：guides()
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar)) + 
  geom_bar(stat="identity") + 
  guides(fill = guide_legend(reverse = TRUE))

# 修改图形堆积的顺序：order = desc(); desc()可以简单地理解为取相反数；

cabbage_exp$Cultivar <- factor(cabbage_exp$Cultivar,levels = c("c39","c52"))

ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar)) + 
  geom_bar(stat="identity")

ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar)) + 
  geom_bar(stat="identity", color = "black") + 
  guides(fill = guide_legend(reverse = TRUE)) + 
  scale_fill_brewer(palette = "Pastel1")