【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件

GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。
先来观察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all.v7.0.symbols.gmt)：

共有3列信息：
第1列：基因集名称（geneset names）
第2列：基因集的URL，(备注：没有URL，直接写“NA”)
第3列：基因集包含的基因

制作gmt文件

假如有这么一列基因

rt <- read.table("gene.txt")
gset <- c("Hallmark_my_geneset","NA",rt$V1)
gset <- gset%>% 
     as.data.frame() %>% 
    t()
 write.table(gset,file = "Hallmark_my_geneset.gmt",sep = "\t",row.names = F,col.names = F,quote = F)

这样自定义的gmt文件就做好了，下一步就可以愉快的进行GSEA/GSVA/ssGSEA分析喽。

参考链接：
制作自己的gene set文件给gsea软件