生信技能树团队推出-aspera下载fastq数据终极工具
现在把这个技巧分享给大家,让我们的讲师助教团队总结了经验如下:
国内从NCBI下载高通测序数据时候,由于数据量比较大,下载速度是个瓶颈,高速下载软件Aspera可以批量下载SRA文件,但是不总是高速,还会遇到各种问题,可以参看前面的推文:
安装Aspera Connect工具下载sra数据
为了更好的解决国内下载数据的痛点,生信技能树团推出了生信技能树团推出-aspera下载fastq数据终极工具,使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧!
就像文章的所说的,这个是国内下载NGS数据的终极解决办法:
前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站,都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程,其实是因为我本人一直不在中国大陆,所以没有网络问题。但是学生们不一样,同样的命令他们prefetch的下载比蜗牛还慢,即使加上aspera后也会面临sra文件转为fastq的限速。所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据,一劳永逸。
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