2019.1.14 aspera下载和md5check

今天学习一下下载sra文件：
1）ENA上找到fastq files（ftp）
2）下载txt
3）aspera下载：

ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i /Users/bcl/Applications/Aspera\ CLI/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR531/002/SRR5311602/SRR5311602_1.fastq.gz .

如果是多样本：

for ((i=204;i<=209;i++));do ascp -QT -v -i /Users/bcl/Applications/Aspera\ CLI/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620${i}/SRR620${i}.sra .;done

4）md5check

brew install md5sha1sum
find ./ -type f -print0 | xargs -0 md5sum > ./my.md5

find -print0和xargs -0原理及用法

这里，给大家推荐我师兄的一个可以直接aspera下载并且进行md5check的代码：
https://github.com/Yuanting-Zheng/wonderful_download