本系列将保持“言简意赅、逻辑清晰”。
编者从事科研数据分析工作，在此分享一些经验，欢迎留言或私信参与讨论。
为什么学？
- 常规生信下游分析普通笔记本即可胜任，但做上游分析则性能不足。
- 自己课题组或科室有服务器，但不熟悉Linux操作，不知如何配置最佳。
常见的计算型服务器类型：
- 云服务器（共享服务器）
- 本地服务器
云服务器
从生物公司购买“生信云服务器”使用权，登录后即可直接使用。
优势：
- 无需配置系统环境，只需安装需要用的R包或linux软件
- 远程访问方便，网速有保障
- 价格较本地服务器低很多，适合入门选择
劣势：
- 运行内存共享，任务可能被挤掉
- 数据传输有时间成本，受网速影响
- 数据不在本地，有安全隐患
本地服务器
课题组或科室有相关设备，但需要自行配置使用
优势：
- 数据本地存储，数据存取、查看都很方便
- 同一局域网下，访问和传输速度极快
- 可视化操作便捷，对初学者非常友好，也便于故障排除
劣势：
- 远程访问需要配置网络
- 所有运行环境都需要自行配置，需要耐心与时间
- 要留意停电通知，及时关机
1. 装什么系统：
使用Linux系统毋庸置疑，具体有三种方案：
-
方案一：Ubuntu （Ubuntu-22.04.2-desktop）
整机装成一个Linux系统
不折腾，适合长期稳定运行的场景 -
方案二：Win+Ubuntu
装双系统，开机引导进入哪个系统
需要重启切换系统，适合多场景使用的个人高性能主机 -
方案三：Win+WSL2
在Win系统下安装Linux子系统，即WSL2
（不推荐）WSL2目前还不稳定，稍有闪失Linux系统的文件就会丢失，适合有经验的开发者，知道自己在做什么。 - 优先推荐方案一，对于方案二，建议先装Win再装Ubuntu。以下围绕方案一展开
2. 如何装系统：
核心问题是把分区做好，其他步骤请参考以下文章，操作完成即可。
编者的分区方案：（欢迎在评论区分享自己方案，帮助更多的人）
主机配置：32G运行内存+256G固态硬盘+8T机械硬盘
| 分区类型 | 挂载点 | 大小 |
|---|---|---|
| efi | 500M | |
| swap | 48000M | |
| ext4 | /boot | 2000M |
| ext4 | /tmp | 10000M |
| ext4 | /var | 50000M |
| ext4 | /usr | 50000M |
| ext4 | /opt | 50000M |
| ext4 | / | 35560M（剩余空间） |
请参考：如何安装 Ubuntu 22.04 LTS 桌面版 (图文教程) ?
2. 更换软件源
目的：后续更新系统，软件包下载速度会更快
登录进入桌面后，左下角打开软件菜单，找到终端，右击收藏，会经常用到。
- 重命名源文件
sudo mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bk
- 创建新的源文件
nano /etc/apt/sources.list
- 将以下内容粘贴进去，这几行就够了。之后按Ctrl+O写入，按Ctrl+X退出。
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
3. 安装apt-faster
目的：多线程，安装软件速度更快
- 以下命令依次执行
sudo apt-get install axel
sudo add-apt-repository ppa:apt-fast/stable
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install apt-fast
- 选择apt
- 设置最大连接数6
- 与apt-get功能相似，我们可以使用：
sudo apt-fast install package
sudo apt-fast remove package
- 更新软件包
# 检测软件包是否有更新
sudo apt-fast update
# 执行更新
sudo apt-fast upgrade
# 显示哪些软件包需要更新
sudo apt-fast dist-upgrade
4. 开启root登录
目的：特殊情况下安装软件包或修改配置系统
请参考： ubuntu 开启root用户登录系统
5. 配置.bashrc
目的：配置常用命令的缩写以提高效率；在命令行界面显示一些系统信息
- 打开文件
nano ~/.bashrc
- 配置命令行显示外观
# 添加
export PS1='\[\e[1;36m\][\A-\#] \[\e[1;32m\]LUNA:\[\e[0;32m\]\u\[\e[1;33m\] → \[\e[1;33m\]$PWD \[\e[0m\] \n\[\e[0m\]'
- 配置常用命令的缩写
# 添加
alias grep='grep --color=auto'
alias ll='ls -alFh'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'
alias h='history'
alias b='cd ..'
alias bb='cd ../..'
alias bbb='cd ../../..'
alias le="less -S -N"
alias rm='rm -rf'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
alias cls='clear'
alias rst='source ~/.bashrc'
- 使配置生效
source ~/.bashrc
至此，Linux系统的基本配置已完成，欢迎在留言区或私信与我们分享你的实践与思考。
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