SRA各种下载

conda安装aspera, 下载

conda activate python27
conda install -c hcc aspera-cli -y
ascp -h #唤醒
###aspera存放目录,将路径bin/ 以及bin/后面的均改写为/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
/home/u20111230014/miniconda3/envs/python27/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
ls ~/miniconda3/envs/python27/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  ##检测一下

##简写输入.bashrc
echo "alias ascpp=\"ascp -QT -P33001 -k2 -i /home/u20111230014/miniconda3/envs/python27/etc/asperaweb_id_dsa.openssh\"" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

###示例
ascp  -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz .
###实例使用
ascpp -l 100M era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/002/SRR5760812/SRR5760812.fastq.gz ./SRR5760812.fq.gz

##批量下载
raw= /home/u20111230014/workspace/genome/GRCm39/rawdata/  ##下载文件存储路径
cat  sra.url |while read id
do
    echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${id} ${raw}"
done >sra.download.sh

## 提交后台运行，并写入sra.download.log日志
nohup bash sra.download.sh >sra.download.log &

在Linux下可以实现一键自动产生下载链接，输入文件为sra.txt(里面仅放SRR号，一行一个)， 给出命令生成ftp地址，下载：

cat SR2.txt|while read a ;do t1=${a:0:3};t2=${a:0:6};echo "ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$t1/$t2/$a/$a.sra";done

##将ftp地址放进 filezilla 类似下载软件下载
ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR148/SRR14807913/SRR14807913.sra

EBI官网下载，可以用wget 或ftp 下载

不一定存在资源，但若有资源一般都很快, 需要project号进行查询
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA737465?show=reads
需要在column selection 中勾选 ftp相关信息

conda 安装 sra-tools下载

conda install -y sra-tools

##下载单个文件
prefetch SRR390455

下载多个文件
prefetch SR2.krt

###fastq-dump (有些攻略说可以在sratools的bin目录里找到，而且fasterq-dump比较快，但我用完发现下载成功的文件不是fastq.gz, 而是sra格式，还是偏好直接下好就是fastq格式的)
more SR2.txt|while read id; do(fastq-dump --split-3 --gzip $id);done

more SR2.txt|while read id; do(fasterq-dump --split-3 $id -O fastq);done

当所有方法都不行，就改用windows下载：改写SRR号就行

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=SRR14807914