今天要复现的这篇《Cell》文章之前我们已经复现过其中比较好的内容了，是关于拟时的一些分析和可视化：单细胞拟时分析：基因及通路随拟时表达变化趋势。今天要做的是一个关于细胞通讯的展示，之所以复现是因为vip小伙伴看文献的时候发现提出的，因为这个图是文章附件最后的图，所以之前没有看到。仔细看了一下图是比较简单的，但是形式是比较新颖的。
image.png
（reference：Single-cell landscape of the ecosystem in early-relapse hepatocellular carcinoma）这张图其实展示的是一个细胞通讯受配体在不同组的数量，之前我们一般展示的时候常用热图、或者简单的柱状图（CellPhoneDB单细胞互作分析（2）：数据分析|人鼠基因同源转化|ERROR解决|详细注释版代码）。这里我们换个形式。图中的柱子表示数量，红色和黑色的点作者解释是不同组数量的比值，比如这里是右侧/左侧，>1红色点，<1用黑色点。这个操作属实是为博眼球，不过可以一眼看出哪些细胞通讯数目变多变少。Cellchat、Cellphonedb的结果都可以用这样的形式展示，只要把数据整理一下即可。 我们这里复现一下，效果如下（几乎一摸一样，红黑点的legend编辑的时候AI添加即可）：学习这个图主要还是再强调ggplot2的一些操作，双坐标轴，文字添加等等！image.png
网友评论