ggplot作图初启动

1.示例数据

在公众号回复：dexp.csv，获得示例数据。
读取数据：

dexp <- read.csv("dexp.csv",row.names = 1)#设置第一列为行名

示例数据：40个基因，每个基因9个重复，加上这9个重复各自的观测值，以及每个基因的长度。

2.变量

（1）离散型变量
（2）连续型变量

3.几个重要概念

作图先要指定使用哪个数据集，然后指定xy轴。

（1）图层：不同的几何对象、图形元素的叠加方式，代码定义图层之间 用+连接

• 个体几何对象：
• 群组几何对象：需要设置group，默认是使用过的离散型变量

（2）aes（映射）：建立数据与几何图形之间的关系

映射类型：

• 颜色类：color（颜色或边框颜色）、fill（填充颜色）和 alpha（透明度）
• 形状类：linetype（线型）、size（点的大小或线的宽度）和 shape（形状）
• 位置类：x, y, xmin, xmax, ymin, ymax, xend, yend
• 特殊类：一类是group和order，另一类是字符串映射

（3）几何对象：对映射的渲染或展示

geom_几何图形：

• geom_point：点图
• geom_line：折线图
• geom_area：面积图
• geom_bar：直方图

4.最简单的图

（1）点图

ggplot(data=dexp,aes(x=Gene,y=Expression,color=Sample))+
  geom_point()

点图

（2）折线图

ggplot(data=dexp,aes(x=Sample,y=Expression,color=Gene))+
  geom_line(aes(group=Gene))

折线图

（3）箱线图

ggplot(data=dexp,aes(x=Gene,y=Expression,color=Gene))+
  geom_boxplot(aes(group=Gene))

箱线图

（4）密度图

p_density <- ggplot(data = dexp)+
  geom_density(aes(Expression, color = Gene))

（5）小提琴图

ggplot(data = dexp,aes(x = Gene, y = Expression)) + geom_violin(
  aes(fill = Group,color=Group)
)

被挤扁了的小提琴图

正常的小提琴图应该长这样

代码是：

ggplot(data = dexp,aes(x = Sample, y = Expression)) + geom_violin(
  aes(fill = Group,color=Group)

（其实只是改了纵坐标）

(6)合并显示

library(gridExtra)
grid.arrange(p_plot,p_line,p_density, p_boxplot, p_violin,nrow=3)

合集

（7）大招：一键脚本

#点图
p_plot <- ggplot(data=dexp,aes(x=Gene,y=Expression,color=Sample))+
  geom_point() #right
#折线图
p_line <- ggplot(data=dexp,aes(x=Sample,y=Expression,color=Gene))+
  geom_line(aes(group=Gene))#right
#箱线图
p_boxplot <- ggplot(data=dexp,aes(x=Gene,y=Expression,color=Gene))+
  geom_boxplot()
##密度图
p_density <- ggplot(data = dexp)+
  geom_density(aes(Expression, color = Gene))
##小提琴图
p_violin <-ggplot(data = dexp,aes(x = Sample, y = Expression)) + geom_violin(
  aes(fill = Group,color=Group)
)
library(gridExtra)
grid.arrange(p_plot,p_line,p_density, p_boxplot, p_violin,nrow=3)

优化方法将在后续笔记中展示。