IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地使用的基因组可视化神器，不管你用何种系统基本上都可找到对应的安装包，方便且实用。只需要导入参考基因组文件以及bam或者bw文件即可。

IGV安装

提前装好java，去IGV的官网下载和自己系统对应版本的exe文件，常规安装即可。
下载链接：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download（MAC，Windows，linux版）

IGV操作界面展示

操作界面展示

数据准备

基因组文件

用于比对的参考基因组.fa格式文件。注意：序列名称一定不要有奇怪的字符，如%$#@()等。

比对文件及索引文件

无论用什么比对工具，如bwa、bowtie2、hisat2等，生成sam文件后，转换为bam文件，同时对bam文件进行排序。而后建立排序好的bam文件的索引文件（.bai文件）。

#bam文件排序： 
samtools sort xxx.bam xxx.sorted.bam
#bam文件构建索引： 
samtools index xxx.sorted.bam

软件使用

导入基因组文件

IGV中存储了部分参考基因组，可以在第一个下拉框下寻找，如果有，直接点击系统将自动导入；如果没有，则选择Genomes->Load Genomes From Files 导入本地的基因组fa文件。

导入bam文件

File->Load from File， 导入bam。

选择自己感兴趣的区域

导入后在蓝框选择感兴趣的染色体/contig，即可展示该染色体/contig区域reads的覆盖情况。之后还可以在绿框键入感兴趣的基因组位置（格式：染色体：起始位置-终止位置），即可展示展示出所选区域reads的覆盖情况。如果你选择的区间过大，在reads覆盖区会出现Zoom in to see coverage，这时点击放大按钮即可展示覆盖情况。

操作界面

调整可视化效果

在各区域，点击鼠标右键，会出现一个很长的下拉菜单，摸索一下就会了，在这里就不赘述。

图片保存

右键后Save image。

参考：
IGV官方网站：http://software.broadinstitute.org/software/igv/userguide。