美文网首页
测序饱和度

测序饱和度

作者: xiaosine | 来源:发表于2023-04-27 13:19 被阅读0次

Sequencing Saturation 是指在高通量测序中,当样本中的 DNA序列被读取的次数越来越多时,测序数据的增加量逐渐减少,直到趋于饱和状态。这是因为每个DNA分子只能够被读取一定次数,超过这个次数后,再读取就不会再增加数据量了。

这个现象会影响到数据的可靠性和准确性,因为在饱和状态下,数据的覆盖度会变得不均匀,有些区域会被过度覆盖,而其他区域则会被低覆盖,这可能导致一些变异或重要的序列片段被遗漏或者错误地解读。

以下是一些关于 Sequencing Saturation 的链接:

如果 Sequencing Saturation 是代码相关的问题,代码如下:

#计算测序数据的饱和度
import pysam
import numpy as np

#读取 BAM/SAM 文件
samfile = pysam.AlignmentFile("example.bam", "rb")

#统计每个位置上的覆盖度
coverage = np.zeros(samfile.lengths[0])
for pileupcolumn in samfile.pileup():
    coverage[pileupcolumn.pos] = pileupcolumn.nsegments

#计算饱和度
total_reads = samfile.mapped
saturation = np.cumsum(sorted(coverage, reverse=True)) / float(total_reads)

#绘制饱和度曲线
import matplotlib.pyplot as plt
plt.plot(saturation)
plt.xlabel("Number of reads")
plt.ylabel("Saturation")
plt.show()

这段代码可以计算 BAM/SAM 文件中每个位置的覆盖度,并绘制饱和度曲线。

相关文章

  • 测序饱和度评估

    测序饱和的意义 测序深度和基因组覆盖率为正相关关系。 一般测序深度选择在10X。(人基因组为3G,但一般序列测序文...

  • 在学习PS中容易产生的3个误区

    One : 色相饱和度跟自然饱和度区别:“饱和度”与“色相/饱和度”命令中的“饱和度”选项效果相同,可以增加整个...

  • 高通量测序原理

    测序类型 ROCHE/454 测序 illnumina 测序 Pacbio 测序 nanopore 测序 主流的...

  • HSV

    色度,饱和度,亮度(Hue, Saturation and Value) 饱和度 饱和度代表色彩空间中的灰色,从0...

  • PS亡羊补牢系列:4、饱和度&明度&对比度&清晰度

    饱和度 俗称颜色的鲜艳度。饱和度颜色更容易引起视觉疲劳。而中低饱和度颜色不会。饱和度颜色跟容易吸引眼球,在图像中负...

  • 三代测序原理

    第一代测序—Sanger法测序又称双脱氧法测序 第二代测序—illumina测序原理 第三代测序—牛津纳米孔测序

  • Day7_测序知识

    测序过程和原理 测序原理: 一代测序(Sanger测序): (1)目前一代测序在验证序列(...

  • 2019-01-20 day7 -endless

    测序的历史 测序分类 测序酚类.png

  • Day7--陈海影

    测序知识 了解测序过程和原理 几种测序区别

  • 我的笔记

    1.饱和度高,明度中间,刺激大;饱和度中间,明度高,刺激小2.色相饱和度改变的是它的下面一个图层3.饱和度越高色彩...

网友评论

      本文标题:测序饱和度

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/wgnbjdtx.html