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BBrename笔记

BBrename笔记

作者: 热爱大自然的小和尚 | 来源:发表于2018-04-05 16:14 被阅读0次

    BBrename笔记

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    1. 这个工具可以用来干什么呢?
      1. 为序列加上prefix
      2. 在指定添加number的时候,会添加上后缀序号
    2. 在指定两个输入文件的时候,如果只有一个输出文件,则会将输出文件interleaved

    使用模板

    rename.sh in=<file> in2=<file2> out=<outfile> out2=<outfile2> prefix=<>

    参数介绍

    1. ow=f 覆盖已经存在的文件?默认为否
    2. zl=4 设置zip等级,默认为4,1(最低压缩程度),9(最高压缩程度)
    3. int=f 输入文件是否是interleaved的
    4. fastawrap=70 fasta文件每行碱基/氨基酸的数目
    5. minscaf=1 忽略序列长度小于这个值的序列
    6. qin=auto ASCII指定输入数据的质量编码格式,33 for sanger,64 for Illumina(Illumina旧格式)
    7. qout=auto 同上
    8. qfin=<.qual 文件> 从该文件为in文件的read读取质量值
    9. qfin2=<.qual 文件> 为in2文件读取read的质量值
    10. qfout=<.qual 文件> 为out<.fasta 文件> 输出质量值
    11. qfout2 同上
    12. ignorebadquality=f (ibq)在read的质量值不在设定的质量编码格式范围内的时候,不crash,只是给出警告

    重命名模式

    1. renamebyinsert=f 按照read数据的insert size对其进行重命名
    2. renamebymapping=f 按照read的正确比对位置对其进行重命名
    3. renamebytrim=f 按照序列trimming后的长度进行重命名
    4. addprefix=f 为现在的name添加一个前缀
    5. prefixonly=f 只添加前缀,不添加序号后缀<_number>
    6. addunderscore=t 在prefix后面添加一个下划线

    抽样参数

    • read=-1 设置这个参数为正数可以只处理该参数设置数目的序列

    Java 程序参数

    • -Xmx 指定使用内存的大小,否则程序自动检测所有可用内存
      • -Xmx20g可以设置20GB的RAM供该程序使用;-Xmx200m设置200MB的内存;最大可设置内存一般为物理内存的85%
    • -eoom 在安装了Java 8u93+的时候,如果内存超过设置得参数,可以结束进程
    • -da 关闭assertion

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