BBrename笔记

BBrename笔记

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1. 这个工具可以用来干什么呢？
   2. 为序列加上prefix
   3. 在指定添加number的时候，会添加上后缀序号
2. 在指定两个输入文件的时候，如果只有一个输出文件，则会将输出文件interleaved

使用模板

rename.sh in=<file> in2=<file2> out=<outfile> out2=<outfile2> prefix=<>

参数介绍

1. ow=f 覆盖已经存在的文件？默认为否
2. zl=4 设置zip等级，默认为4，1（最低压缩程度），9（最高压缩程度）
3. int=f 输入文件是否是interleaved的
4. fastawrap=70 fasta文件每行碱基/氨基酸的数目
5. minscaf=1 忽略序列长度小于这个值的序列
6. qin=auto ASCII指定输入数据的质量编码格式，33 for sanger，64 for Illumina（Illumina旧格式）
7. qout=auto 同上
8. qfin=<.qual 文件> 从该文件为in文件的read读取质量值
9. qfin2=<.qual 文件> 为in2文件读取read的质量值
10. qfout=<.qual 文件> 为out<.fasta 文件> 输出质量值
11. qfout2 同上
12. ignorebadquality=f （ibq）在read的质量值不在设定的质量编码格式范围内的时候，不crash，只是给出警告

重命名模式

1. renamebyinsert=f 按照read数据的insert size对其进行重命名
2. renamebymapping=f 按照read的正确比对位置对其进行重命名
3. renamebytrim=f 按照序列trimming后的长度进行重命名
4. addprefix=f 为现在的name添加一个前缀
5. prefixonly=f 只添加前缀，不添加序号后缀<_number>
6. addunderscore=t 在prefix后面添加一个下划线

抽样参数

• read=-1 设置这个参数为正数可以只处理该参数设置数目的序列

Java 程序参数

• -Xmx 指定使用内存的大小，否则程序自动检测所有可用内存
  • -Xmx20g可以设置20GB的RAM供该程序使用；-Xmx200m设置200MB的内存；最大可设置内存一般为物理内存的85%
• -eoom 在安装了Java 8u93+的时候，如果内存超过设置得参数，可以结束进程
• -da 关闭assertion