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学习小组Day3笔记--森蝶

学习小组Day3笔记--森蝶

作者: 松风 | 来源:发表于2021-07-09 00:18 被阅读0次

Linux环境下的软件安装

学习内容 Day3 linux环境下的软件安装.png

在服务器上下载miniconda

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”(是清华的conda镜像网站) 清华下载网站

查看服务器是多少位的:输入命令 uname -a 查看服务器位数

安装最新版本(latest)

----复制下载链接【sh结尾的,sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本】
新建并进入biosoft目录(输入时可以试试自动补全功能,键盘上的Q前面那个Tab键,你在home目录下,打出cd b,按Tab就可以自动补齐。失败可以跳过...)
cd ~/biosoft

wget 刚才复制的下载链接

之后开始安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
【注意看下图的操作,程序让你enter就enter,让你yes就yes】

安装过程
当你看到一行Do you accept the license terms? [yes|no]说明安装要开始了
然后就开始了安装过程,中间会出现很多的版权信息,按回车跳过它们 按回车按回车就对了
安装成功的标志 安装成功

之后必须激活

source ~/.bashrc来激活conda

检验是否成功激活

命令行输入conda,出现满屏的信息说明成功了

如果报错,说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令 激活与检验

添加镜像

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

开始使用conda

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

软件列表

安装软件

conda install fastqc -y
(-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
<默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y>
此处我尝试不加-y,会在中途出现以下询问情况

如果一开始不加-y

确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help,如果出现一大片文字,这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档,所以出现了这篇帮助文档,就可以确定已经安装成功

安装成功

卸载软件

conda remove fastqc -y

卸载

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs能看到目前就一个conda环境(base)

环境

新建环境

比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

新建环境

创建完后,再次查看conda环境

conda info --envs
看是不是多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base

出现两个环境,*表示默认

激活新的conda环境

conda activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面;
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着,你可以输入fastqc试试,如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了(这些只是帮助信息,并无实际对象,此操作仅用于确认激活成功)

激活与确认

退出当前环境

conda deactivate可以看到前面括号里的变回了base

退出当前环境

补充

软件安装

1.软件安装:conda install 软件名称(ex.cutadapt)
2.软件更新:conda update 软件名称(若不确定软件名称,可以先使用搜索: conda search fastqc)
3.安装特定版本软件:ex. conda install bwa=0.7.12
4.软件卸载:conda remove 软件名

conda卸载

1.rm -rf ~/miniconda3
2.环境变量中去掉conda,vi ~/bash_profile删除conda路径,退出保存
【小技巧:vim 中移动光标比如到第9行,使用dd就可以快速删除整行】
3.删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

隐藏文件

结束

今日惨痛教训:一定要仔细,别再安装错了(是miniconda而不是anaconda) 哭哭

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