MAPQ

sam文件格式的第五列是MAPQ值：

表示为mapping的质量值，mapping Quality, It equals -10log10Pr{mapping position is wrong}, rounded to the nearest integer, A value 255 indicates that the mapping quality is not available. 该值的计算方法是mapping的错误率的-10log10值，之后四舍五入得到的整数，如果值为255表示mapping值是不可用的，如果是unmapped read则MAPQ为0，一般在使用bwa mem或bwa aln（bwa 0.7.12-r1039版本）生成的sam文件，第五列为60表示mapping率最高，一般结果是这一列的数值是从0到60，且0和60这两个数字出现次数最多

−10logP错比概率

想把小于2的都丢弃：

samtools view -bSq 2 file.sam > filtered.bam

-q INT Skip alignments with MAPQ smaller than INT [0]