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分子模拟DCD文件去水

分子模拟DCD文件去水

作者: mCpG | 来源:发表于2017-11-30 11:35 被阅读0次
去掉水的步骤:
  1. 在VMD Tk consle中先用
set A [atomselect top "protein or nucleic"]
$A get index 

把蛋白质和DNA的index得到,保存为protein_DNA.ind

  1. 然后在终端中用
    ./catdcd -o XXX-nonwater.dcd -i /XXX/protein_DNA.ind /XXX/eq2.dcd

-o 是输出,-i 是输入

这就得到没有水的dcd

catdcd是VMD的插件,在Linux版的VMD目录下plugin中有它的最新版,但可能要配置系统环境。我就出现找不到libexpat.so.0的问题。
所以我在VMD官网下载4.0版的catdcd使用。

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