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本次分享的SCI名为Down-regulation of microRNA-144-3p and its clinical value in non-small cell lung cancer: a comprehensive analysis based on microarray, miRNA-sequencing, and quantitative real-time PCR data是2019年新发表在Respiratory Research上的,该杂志2018年影响因子为3.751,绝对不是水刊!我们先来看一下文章的整体套路:
1背景:
miR-144-3p可能是非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在生物标志物。然而,miR-144-3p与临床参数之间的关系以及其潜在机制却未见报道。
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方法:
Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的芯片数据显示,miR-144-3p在有的数据集中高表达,在有的数据集中低表达,因此研究人员进行了GEO芯片数据的Meta分析。癌症基因组图谱(TCGA)和RT-qPCR收集的数据,研究了miR-144-3p表达与临床特征之间的相关性。 此外,通过Gene Ontology(GO),Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析研究了miR-144-3p的生物学功能。建立蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络以识别核心基因。
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结果:
GEO芯片数据的meta分析显示,miR-144-3p的联合SMD为-0.95,95%CI为(-1.37,-0.52),表明miR-144-3p在NSCLC组织中表达较少(相比正常组织)。 MiR-144-3p表达与分期,淋巴结转移和血管侵犯显着相关(P <0.05)。通过生物信息学分析,识别37个基因作为NSCLC中miR-144-3p的靶基因。这些靶基因在各种关键途径中高度富集,例如蛋白质消化和吸收以及甲状腺激素信号传导途径。此外,PPI揭示了五个基因-C12orf5,CEP55,E2F8,STIL和TOP2A-作为关键基因。
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结论:
目前的研究证实miR-144-3p在NSCLC中低表达。更重要的是,miR-144-3p可能作为NSCLC预后预测中的潜在肿瘤生物标志物。生物信息学分析的结果可能为研究NSCLC的发病机制提供一种新方法。
我们首先为大家带来这篇文章的重要核心:GEO芯片的Meta分析!这部分占据了这篇文章的1个表和5张图,套路如下:
Figure1. 整篇文章进行miR-144-3p生信筛选的流程
imageTable1罗列了从GEO数据库中检索出的19张与非小细胞肺癌相关的芯片的基本信息
imageFigure2. miR-144-3p在GEO芯片NSCLC组织中的表达量(见视频课)
imageFigure3.miR-144-3p在GEO芯片NSCLC患者血液中的表达量(见视频课)
imageFigure4. 使用R语言对芯片数据进行Meta分析、敏感性检验和异质性检验(见视频课程)
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