这一篇主要是收集和整理学R语言过程中所有遇到的报错和如何解决的。顺利运行的人永远不知道奇奇怪怪的报错有多磨人。希望我今天写的一点点内容能为读者节省下搜索、试错的宝贵时间和精力。也希望有朋友可以把自己debug的过程写下来之后投稿过来呀～

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install.packages

1. 在install.packages(xxx)安装R包时报：object 'xxx' not found.

install.packages(xxx) 括号里不加双引号就会把包当成是对象，找不到对象就会报错。那为啥安装好之后载入包的时候不需要加双引号呢？因为安装好了之后就有了这个包名称的关键字了，就可以找到对象了。

xcrun报错

2. xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun

这是一个mac特色的报错。mac独享的moment哈哈哈。安装xcode就可以解决了。
参考：

1. https://stackoverflow.com/questions/32896524/invalid-active-developer-path-error-after-upgrading-to-el-capitan
2. https://tips.tutorialhorizon.com/2015/10/01/xcrun-error-invalid-active-developer-path-library-developer-commandline-tools-missing-xcrun/

# 打开终端，输入下面的内容即可
xcode-select --install

S4Vectors加载错误

感谢@Erwins_Cat投稿
如下面的图所示，这位朋友在安装DESeq2()的时候碰到DESeq2所依赖的一个叫做“DelayedArray”的包需要S4Vectors更高的版本(0.24.3 ➡️0.24.4)，

image.png
解决方法是通过bioconductor安装S4Vectors对应的版本。

rJava安装不上的bug

update: 2020-05-17
这报错搞了我好久啊。。这可能又是一个mac独享的bug。一开始以为是Java的问题，但是后来发现是clang的问题。

因为我这是台刚启用没多久的mac，啥都还没安装。一开始安装rJava的时候提示没有安装Java，那就到Java官网下载了一个长期支持版的Java SE Development Kit 11.0.7版本，下载的时候建议使用jdk-11.0.7_osx-x64_bin.dmg而非jdk-11.0.7_osx-x64_bin.tar.gz（这个看起来是开箱即用的？反正看不懂要放在什么位置，所以建议选前一个dmg格式的）安装好之后记得配置Java的环境路径

export JAVA_HOME="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.7.jdk/Contents/    RHome"
export PATH="$JAVA_HOMEi/bin:$PATH"
# 让R配置一下环境里的java
R CMD javareconf

完成之后又遇到一个顽固的报错：

clang: error: unsupported option '-fopenmp'

尝试了很多，比如用brew安装llvm

brew install llvm

并且将原来的clang设置成新安装的这个clang:

ln -s /usr/local/opt/llvm/bin/clang /usr/local/bin/clang
ln -s /usr/local/opt/llvm/bin/clang++ /usr/local/bin/clang++

然而并没有用。甚至将rJava的包下载到本地手动进行编译，也不可以（虽然get到了手动编译R的方法）

R CMD install -l /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/ /Users/cjh/Downloads/rJava_0.9-12.tar.gz

最后通过brew下载gcc并设置使用gcc进行编译

    brew install gcc

    which gcc #新安装的这个不叫gcc，叫gcc-9
    /usr/local/gfortran/bin/gcc
    
    which gcc-9 #查看一下
    /usr/local/bin/gcc-9
    gcc-9 --version #版本号
    gcc-9 (Homebrew GCC 9.3.0_1) 9.3.0
    Copyright (C) 2019 Free Software Foundation, Inc.
    This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
    warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

之后在家目录下创建一个.R的隐藏文件，在里面创建一个Makevars文件

    mkdir ~/.R
    vim ~/.R/Makevars
    #把以下两条命令写进Makevars文件
    export CC=/usr/local/bin/gcc-9
    export CXX=/usr/local/bin/g++-9

最后运行一下下载下来的rJava源码就安装成功了。

总结一下就是，mac自带的clang和安装了llvm带来的clang都是不支持rJava编译时候的参数的，需要用gcc进行编译。

包不存在类错误

很多时候报的错都是说“不存在叫‘xxx’这个名字的程辑包”，这类错误基本上用install.packages("xxx")都能解决。也别去多想为啥会报这样的错，反正缺啥补啥就完事儿了。