杂合度

作者: 铃_0d92 | 来源:发表于2021-10-09 20:56 被阅读0次

    1 使用plink挑选个体

    plink --vcf SNP_qc0818.vcf --recode --out SNP_qc0818   --make-bed --double-id --allow-extra-chr  #先将vcf文件转换为plink的输入文件格式
    plink --bfile SNP_qc0818 --noweb --keep bsz.txt --recode --make-bed --out BSZ1 --double-id --allow-extra-chr #提取bsz.txt中的样本
    plink --file BSZ1 --hardy --out BSZ_hardy  --allow-extra-chr#计算位点杂合度
    #结果见.hwe文件
    

    注意bsz.txt是要提取的样本名,为两列。

    A.bsz_27_p A.bsz_27_p
    A.bsz_30_p A.bsz_30_p
    A.bsz_31_p A.bsz_31_p
    

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