seqtk随机抽取reads

https://github.com/lh3/seqtk

安装seqtk：

conda create -n seqtk_env
conda activate seqtk_env
conda install -c bioconda seqtk

随机抽取配对末端的reads,需要10G的数据量并且压缩：

#!/bin/bash

# 设置随机种子
seed=100

# 设置每个FASTQ文件的目标大小（单位：行）
# 这个值应该是你希望每个文件的大小除以单行的平均大小
# 由于FASTQ文件的每个读取由4行组成，所以这个值应该是目标文件大小的行数除以4
# 假设你希望每个文件的大小为10G，并且每行平均大小为100字节，那么以下是计算这个值的方式：
# (10G * 1024 * 1024 * 1024) / 100 / 4
target_size=26214400

# 获取所有R1文件
r1_files=$(ls *R1.fastq.gz)

for r1_file in ${r1_files}
do
    # 找到配对的R2文件
    r2_file=$(echo ${r1_file} | sed 's/R1/R2/')

    # 对R1和R2文件进行抽样
    zcat ${r1_file} | seqtk sample -s${seed} - ${target_size} | gzip > subset_${r1_file}
    zcat ${r2_file} | seqtk sample -s${seed} - ${target_size} | gzip > subset_${r2_file}
done

seqtk抽取reads-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)