转录组学习笔记

1.转录组(transcriptome)概念：广义的转录组指特定发育阶段或生理条件下从一种细胞或组织的基因组所转录出的RNA的总和，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA(ncRNA)，如rRNA、tRNA、核仁小RNA(snoRNA)、小核RNA(snRNA)、微RNA(mRNA)和其他ncRNA等。

2.转录组学主要目标:  catalogue all species of transcript, including mRNAs, non-coding RNAs and small RNAs

3.转录组测序（RNA-seq）：利用高通量测序技术将细胞或组织中全部或部分mRNA、small RNA和no-codingRNA 进行测序分析的技术。

RNA-Seq 原理图 

原理：长RNA首先通过RNA片断或DNA片断转换成cDNA片断文库。随后将测序接头(蓝色)添加到每个cDNA片段，并使用高通量测序技术从每个cDNA获得短序列。将得到的序列读数与参考基因组或转录组比对，并将其分为三种类型：exonic reads、junction reads、poly(A) end reads

4.转录组数据处理

4.1原始数据预处理

4.2reads比对

4.3转录本组装

4.4转录本预测

4.5转录本表达水平分析

4.6变异检测

参考文献

Wang Z , Gerstein M , Snyder M . RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.[J]. Nature reviews. Genetics, 2009, 10(1):57.

崔凯, 吴伟伟与刁其玉, 转录组测序技术的研究和应用进展. 生物技术通报, 2019. 35(07): 第1-9页.