部署Linux运算环境

安装Anaconda

Anaconda是Python和R编程语言的开源包管理器、环境管理器和发行版。它通常用于数据科学、机器学习、大规模数据处理、科学计算和预测分析。

国内镜像地址（国外连接下载慢，选择使用国内镜像下载）：

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

sudo wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh #安装

参考：

Anaconda使用教程一（新手友好）

配置Anaconda源

解决Anaconda报The channel is not accessible源通道不可用问题

安装Anaconda源的包

https://anaconda.org/bioconda/bowtie2

https://anaconda.org/bioconda/getorganelle

#conda install

#To install this package run one of the following:

conda install -c bioconda getorganelle

安装GetOrganelle组装软件

零基础教程 | 叶绿体基因组组装 - GetOrganelle

conda create -n getorganelle #创建环境

conda activate getorganelle #激活环境

conda install -c bioconda getorganelle

get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz

md5sum Arabidopsis_simulated.*.fq.gz

#then verify the integrity of downloaded files using md5sum:

get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated.2.fq.gz -t 1 -o Arabidopsis_simulated.plastome -F embplant_pt -R 10

Example 3

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/blob/master/Test/reads/SRR5602600_1.fastq.gz

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/blob/master/Test/reads/SRR5602600_2.fastq.gz

查看Linux系统负荷情况

Ubuntu 查看系统资源占用(CPU、内存、网络)_ubuntu查看cpu占用率-CSDN博客

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