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exprSet_ID去双引号

exprSet_ID去双引号

作者: 泥人吴 | 来源:发表于2019-12-14 12:54 被阅读0次
  • 有时我们在GEO下载得到的表达矩阵会发现Gene_ID,有双引号,但是我们GPL平台的Gene_ID变量无双引号,merge会出现失败。

  • 那么就需要将exprSet中的ID双引号批量去除
df <- exprSet
df$X.ID_REF. <- (sapply(df$X.ID_REF., function(x) gsub("\"", "", x)))
  • 后续merge就很简单了

R包install失败:无法打开URL'https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc//packages/3.9/workflows/src/contrib/PACKAGES'

解决办法:

  • 办法就是把镜像换了,官网根本打不开,坑我
#不要用这个镜像,坑爹,bioc根本打不开的
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") ##指定镜像,这个是中国科技大学镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
rm(list = ls())  ## 魔幻操作,一键清空~
options(stringsAsFactors = F)

WGCA

allowWGCNAThreads()

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