技巧 | StringTie 计算 Raw Counts

featureCounts 不用多说，这里主要介绍 StringTie 自带的计算脚本 prepDE.py，介绍如下：

Usage: prepDE.py [options]

Generates two CSV files containing the count matrices for genes and
transcripts, using the coverage values found in the output of `stringtie -e`

运行命令：

$ python prepDE.py \
-i sample_list.txt  \
-g gene_count_matrix.csv  \
-t transcript_count_matrix.csv

输入文件为 sample_list.txt， 该文件为 \t 分隔的两列，第一列为样本名称，第二列为定量的 GTF 文件的路径，示例如下：

sampleA A.stringtie.gtf
sampleB B.stringtie.gtf

或者直接指定为：

    ./sample1/sample1.gtf
    ./sample2/sample2.gtf
    ./sample3/sample3.gtf

同时输出 gene 和 transcript 水平的 raw count 值。

采用 StringTie 进行定量，运行速度快是一个优势，同时提供 raw count, FPKM, TPM 3种定量方式的结果，也是其最便利的地方。

参考

[1]. Stringtie：转录本组装和定量工具
[2]. prepED.py - Using StringTie with DESeq2 and edgeR

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