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Seurat (v3.0)object的结构组成

Seurat (v3.0)object的结构组成

作者: 阿糖胞苷_SYSU | 来源:发表于2019-05-29 18:08 被阅读8次
    Seurat object的slots
    @assay的slots

    assay的slots主要有6个:

    counts:主要是 counts或者TPKM的raw data,未经normalized

    data:是经过normalized的表达矩阵

    scale.data:是已经scaled out的表达矩阵

    key:是含有该assay的名称的字符串

    var.features:可变的基因的向量

    meta.features:基因水平上的meta.data

    colMeans:计算基因在所有细胞的平均表达量

    colSums:计算基因在所有细胞的平均表达总和

    @DimReduc的slots

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