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学习小组Day3笔记-姜洪利

学习小组Day3笔记-姜洪利

作者: 姜洪利_d076 | 来源:发表于2018-12-19 17:43 被阅读65次

    一、bzip和Miniconda的下载和安装

    1. bzip的下载和安装
    • 首先在根目录下输入命令行
    bzip2
    
    • 腾讯云已经装备有bzip,无需安装;
    • 如果需要安装的话,需要以下命令行
    yum install -y bzip2            /////y参数表示是否自动安装
    
    1. Miniconda的下载和安装
      Miniconda是conda的精简版本,继承了大部分的的生信软件。
    • 确认服务器版本,在官网找到对应的版本,鼠标右键复制地址,为在linux下安装做准备。
    • wget是linux的下载命令,相当于windows的另存为,后面接空格和安装地址就可以,用鼠标右键点一下,出来刚才复制的地址,如下所示
    wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
    
    • 下载完需要安装,网络查了bash的释义,难以消化,此处bash就是安装上述下载文件到本地。
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    
    • 回车到license接受yes,安装目录回车,添加环境变量yes,安装成功。
    • 大坑,激活的命令的第一个字符一定要打对,否则死的很惨。
    source ~/.bashrc
    conda
    
    • 关于添加路径or通道,因为没加在后续查找软件时显示失败,除了按照教程上添加通道外,还有如下简洁命令,不知区别在哪
    conda config --add channels bioconda
    

    二、Miniconda的使用

    1. 查看当前软件列表
    conda list
    
    1. 搜索特定软件
    conda search software_name
    
    1. 安装特定软件
    conda install -y software_name
    
    1. 卸载特定软件
    conda remove software_name -y
    

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