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学习小组Day3笔记-姜洪利

学习小组Day3笔记-姜洪利

作者: 姜洪利_d076 | 来源:发表于2018-12-19 17:43 被阅读65次

一、bzip和Miniconda的下载和安装

  1. bzip的下载和安装
  • 首先在根目录下输入命令行
bzip2
  • 腾讯云已经装备有bzip,无需安装;
  • 如果需要安装的话,需要以下命令行
yum install -y bzip2            /////y参数表示是否自动安装
  1. Miniconda的下载和安装
    Miniconda是conda的精简版本,继承了大部分的的生信软件。
  • 确认服务器版本,在官网找到对应的版本,鼠标右键复制地址,为在linux下安装做准备。
  • wget是linux的下载命令,相当于windows的另存为,后面接空格和安装地址就可以,用鼠标右键点一下,出来刚才复制的地址,如下所示
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
  • 下载完需要安装,网络查了bash的释义,难以消化,此处bash就是安装上述下载文件到本地。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 回车到license接受yes,安装目录回车,添加环境变量yes,安装成功。
  • 大坑,激活的命令的第一个字符一定要打对,否则死的很惨。
source ~/.bashrc
conda
  • 关于添加路径or通道,因为没加在后续查找软件时显示失败,除了按照教程上添加通道外,还有如下简洁命令,不知区别在哪
conda config --add channels bioconda

二、Miniconda的使用

  1. 查看当前软件列表
conda list
  1. 搜索特定软件
conda search software_name
  1. 安装特定软件
conda install -y software_name
  1. 卸载特定软件
conda remove software_name -y

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