2021-11-26 VDJtools笔记（21.11.25的两

传入数据：

因为数据格式是fq，VDJtools不能识别，要转换格式，先用mixcr。
java -jar ./mixcr.jar analyze amplicon --species hs --starting-material dna --5-end v-primers --3-end j-primers --adapters adapters-present1_BDDP210002306-1A_1.clean.fq 1_BDDP210002306-1A_2.clean.fq analysis
将receptor是tcr的信息删掉，会得到所有受体信息

生成的文件
生成有txt，就可以用来immunarch和vdjtools了

转换格式：

java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar Convert -S MiXcr 1.clonotypes.ALL.txt 2.clonotypes.ALL.txt output_prefix
此前一直执行不了的原因是：将数据拷贝到工作路径下时，不知道为什么是压缩状态，解压即可。

报错：missing
发现了奇怪的地方，故提取文件
得到的txt（部分）

用转换格式后得到的文件进行CalcSegmentUsage
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcSegmentUsage -p output_prefix.1.clonotypes.ALL.txt output_prefix.2.clonotypes.ALL.txt output_prefix

得到v、j片段的的唯一克隆型频率/比例。

java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotFancySpectratype -t 10 output_prefix.1.clonotypes.ALL.txt output_prefix