>>准备工作

• 先下载java，配置java，下载VDJtools
• 在命令提示符中输入java -jar C:\Users\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\Downloads\vdjtools-1.2.1\vdjtools-1.2.1\vdjtools.jar 运行VDJtools
• 安装R包

install.packages(c("circlize", "grid", "gridExtra", "VennDiagram"))
java -jar vdjtools.jar Rinstall
install.packages(c("reshape2", "FField", "reshape", "gplots",
                   "gridExtra", "circlize", "ggplot2", "grid",
                   "VennDiagram", "ape", "MASS", "plotrix",
                   "RColorBrewer", "scales"))

• 切换工作路径在命令提示符中输入cd C:\Users\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\Downloads\vdjtools-1.2.1\vdjtools-1.2.1， 切换工作路径到vdjtools-1.2.1这个文件夹，再输入java -jar vdjtools-1.2.1.jar VDJtools V1.2.1

>>传入数据

• 此文基于windows系统的尝试
• 把输入数据拷贝到现在的工作路径中，或者，输入文本前添加文件路径
• 命令行写入 java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  错误示范：不能用$VDJTOOLS，是Linux的写法，也删掉[option]，

>>开始分析

一、Basic analysis

（1）CalcBasicStats

会有TCR的注释

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcBasicStats 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  output_prefix.basicstats

（2）CalcSegmentUsage

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcSegmentUsage -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  output_prefix.segments.wt.V
  output_prefix.segments.wt.J

（3）CalcSpectratype

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcSpectratype 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  产生文本
  其中第二个

（4）PlotFancySpectratype

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotFancySpectratype 5.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  output_prefix.fancyspectra

（5）PlotFancyVJUsage

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotFancyVJUsage 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix

• 出现未解决的问题：

  
  
  

（5）PlotSpectratypeV

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotSpectratypeV 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  output_prefix.spectraV.wt

二、Diversity estimation

（1）Diversity estimation

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotQuantileStats 3.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  output_prefix.qstat

（2）RarefactionPlot

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar RarefactionPlot 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix
  output_prefix.rarefaction.strict

（3）CalcDiversityStats

Command line usage
java -Xmx4G -jar vdjtools.jar CalcDiversityStats \ [options] [sample1.txt sample2.txt ... if -m is not specified] output_prefix

三、Repertoire overlap analysis

（1）OverlapPair

①表格输出

输出表

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
• 数据一定要在vdjtools的文件夹下

工作路径下产生3个txt

同时产生如下提示，忽略

②图形输出

• java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix

• 注意，查看OverlapPair帮助提示的命令：
  java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair
  

  OverlapPair帮助指示
  在中间添加“-p”表示画图
  java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix

• 如下报错代表Rscript没有安装成功，若已有R，说明没有配置环境变量

  
  报错
  R环境变量配置方法
  

  配置完后重启电脑，在命令提示符中输入R，测试是否成功。

  
  成功

配置完后重启电脑，在命令提示符中输入R，测试是否成功。
再次回到之前的工作路径中，输入产生图形的命令：

会产生的两个PDF文件
output_prefix.paired.strict.table.collapsed
output_prefix.strict.paired.scatter

（2）CalcPairwiseDistances

这样不算报错

• 一定要传入两个以上的数据

java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcPairwiseDistances -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt 3B.clonotypes.TRB.txt 4B.clonotypes.TRB.txt 5B.clonotypes.TRB.txt 6B.clonotypes.TRB.txt 7B.clonotypes.TRB.txt 8B.clonotypes.TRB.txt output_prefix

会产生 “output_prefix.intersect.batch.aa.txt” 和 “output_prefix.intersect.batch.aa.pdf”

CalcPairwiseDistances.pdf

• 在命令行直接输入R，会切换到R命令行

  
  R命令行

（3）ClusterSamples

java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar ClusterSamples -p output_prefix input_prefix
输入文件前缀 设置为与CalcPairwise 差异的输出前缀相同的值
产生表：会产生一个“input_prefix.mds.aa.F”文本文件、一个“file_out_clust”（newick）文件
产生图形（PDF）：input_prefix.hc.aa.F 和 input_prefix.mds.aa.F

input_prefix.hc.aa.F
input_prefix.mds.aa.F
此处有存疑，待未来尝试解决：
一、
官方作出的图如下：
hc
命令行里也没有报错
没有报错
用notepad++打开vdjtools文件夹下的cluster_samples.r，是刚才运行R脚本，是vdjtools自动生成的，在命令行里打开R，把加箭头的两行粘贴到R命令行里

如下反馈，并不是不缺少作图包
反馈

二、
input_prefix.mds.aa.F的图里没有加颜色，有可能是vdjtools没有让它画颜色。

ClusterSamples时输入的命令

老师给的解释摘记如下，待以后用其他数据再尝试。

应该有个color_by_factor，受到某个输入参数的影响。但为何vdjtools给这个参数安排为0，恐怕后面有机会再去深究。
1、可能是这组数据没有去分组。
2、这组数据里，TCR之间真的没有交集，以至于vdjtools算不出相似度。
3、部分数据没有overlap的clone。

（4）TestClusters

Command line usage：
$VDJTOOLS TestClusters
[options] input_prefix [output_prefix]
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar TestClusters input_prefix input_prefix

• 后一个“input_prefix”是上一个文件产生的文件名，留言报错内容，无需“-p”，没有表输出。

• 产生pdf：input_prefix.perms.aa.F

  
  TestClusters

（5）TrackClonotypes

java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar TrackClonotypes -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt output_prefix

会产生的文件
output_prefix.tracking.strict.summary
output_prefix.tracking.strict.stackplot
output_prefix.tracking.strict.heatplot