通过bam文件提取mapped read或unmapped re

通过比对软件，我们会得到比对率，但也有一些没有比对成功的read，如果想单独拎出来那些没有比对成功的read，需要怎么做呢？

其实samtools 和bamToFastq 工具就可以满足要求啦！！！

详细操作如下：

提取比对到参考序列的结果:

samtools view -b -h -F 4 your.bam > mapped.bam

提取read

bamToFastq -i mapped.bam -fq mapped.bam.R1.fastq -fq2 mapped.bam.R2.fastq

那有的小伙伴可能更加关注未必对到参考序列的结果，要怎么提取呢？
那那那，都在这里：

提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果

samtools view -bF 12 your.bam > Control_rep1.raw.bam.pair_mapped.bam

提取未比对到参考序列的结果:

samtools view -b -h -f 4 your.bam > Control_rep1.raw.bam.unmapped.bam

提取各自的比对结果之后，在用bamToFastq提取序列即可啦！

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