R语言常用命令

好记性不如烂笔头，有很多命令一段时间不用就记不全了，所以很多知识点还是要多记记，多翻翻。。。

getwd()  #查看文件路径
setwd()  #设置路径 eg.
setwd("C:/Users/GEO")

typeof()   #判断数据或数据集类型typeof()或class(),但两者有啥差别，需后续探究
class()

#as 族函数实现数据类型之间的转换
as.numeric() 
as.logical()
as.charactor()
as.factor()

#is族函数，返回值为TRUE或FALSE
is.numeric()
is.logical()
is.charactor()
is.factor()

#有重复的用rep(),有规律的序列用seq（），随机数用rnorm
rep(“gene” ,times=15)
seq(from=3,to=21， by=3)
rnorm(n=5, mean = 3, sd = 5)

length()  #长度
unique（） #去重复
table()  #重复值统计

paste("gene",1:15)   #两句命令相同效果，paste和paste0区别在于character与数字间有无空格
paste0(rep("gene",15),1:15)

x %in% y  #x的元素在y中吗？
x[x %in% y] #将返回的TRUE值提取出来，即将xy中相同的元素提取出来

na.omit(df) #去除含有缺失值的行 df为数据框

I[[2]] #列表新建和取子集 I为列表，2为位置

#删除变量
rm(I) #删除一个
rm(df,m) #删除多个
rm(list=ls()) #删除全部

#安装任意包
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

#https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

#查看帮助文档
?max或help("max") 

tidyr::gather
tidyr::spread
dplyr

# 安装包
install.packages("openxlsx")
library(openxlsx)
# 文件名+sheet的序号
data<- read.xlsx("Lipstick.xlsx", sheet = 1)

tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000) #标准差最大的1000行

Rproject搞定工作目录设置
新建：File--New project--New directory--New project--Directory name--Create project
打开：File--Open project--Open

光标放在>后面，摁向上键或向下键，可以运行或修改上一条或下一条命令行

运算符号：
比较运算： <, >, <=, >=, ==, != ； ==表判断； ！=不等于
逻辑运算： &，|， ！ （分别代表和，或，非）

R语言乱码解决方案
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