- 批量下载EBI数据
1、获取ascp下载地址
EBI网站首页输入检索号，分别选择显示条目sample name和FASTQ files (Aspera)，点击 TEXT 进行下载，生成文件: sample_alias.txt和fastq_aspera.txt
[EBI网址]https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB7888
2、下载测序数据
cat fastq_aspera.txt | sed '1d' | sed 's/fasp.sra.ebi.ac.uk://g' | sed 's/;/\n/g' > sample_fastq.txt
nohup /export/home/hushy/.aspera/connect/bin/ascp -i /export/home/hushy/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k1 -Tr -l100m -P33001 --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list sample_fastq.txt . &
# .表示输出到当前路径，也可以指定为其他路径
3、将样本名称和数据路径合并成一个文件
cat sample_alias.txt | sed '1d' > sample_name.txt
find /data/hushy/study03/* -name "*fastq.gz" | tee sample_data.txt | cut -d '/' -f 5 - | cut -d '_' -f 1 - | paste - sample_data.txt | awk '{a[$1]=a[$1]$2" "}END{for(i in a){print i,a[i]}}' | awk 'FNR==NR{a[NR]=$1;next}{$1=a[FNR]}1' sample_name.txt - | sed 's/ /\t/g' > study03_sample_list.txt
- 分批下载EBI数据
1、获取下载地址
EBI搜索PRJEB ID，单击样本的右键，复制链接，如：
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR221/002/ERR2216042/ERR2216042_1.fastq.gz
2、下载数据
/export/home/hushy/.aspera/connect/bin/ascp -i /export/home/hushy/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k1 -Tr -l100m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR221/002/ERR2216042/ERR2216042_1.fastq.gz .
# ENA在Aspera的用户名是era-fasp，ENA数据库的数据存放位置是fasp.sra.ebi.ac.uk，命令末尾的空格和.符号不可省略
- 分批下载NCBI数据
1、获取下载地址
ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR699/SRR6994553/SRR6994553.sra
2、下载数据
/export/home/hushy/.aspera/connect/bin/ascp -i /export/home/hushy/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k1 -Tr -l100m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR699/SRR6994553/SRR6994553.sra
3、使用sratoolkit将.sra文件转换成.fastq.gz文件
/share/apps/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 SRR6994553.sra
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