东汉末年，传授《书》经的，都以郑玄的注本为准。三国魏人王肃作《尚书解》，后来又伪作《圣证论》用来攻击郑注，蜀人李譔作《尚书传》（也攻击郑注），虞翻在吴国也是攻击郑注的错误。当时，孔安国的古文《尚书》已经亡佚了，王肃、皇甫谧等人竟然伪造古文《尚书》二十五篇，又伪造了《孔安国书传》，但是在当时却不受推崇。
西晋永嘉之乱时，欧阳氏《尚书》学、大夏侯《尚书》学和小夏侯《尚书》学全都亡佚了。
南北朝时期，郑玄的《书》注盛行在黄河以北的地区，徐遵明用郑《书》注教授李周仁，由此，凡是研究《尚书》的人都以郑玄的注为宗旨，只有刘芳作《尚书音》使用王肃的注。（以上是北学）
在江南，东晋元帝时，梅赜献上伪古文《尚书》，自称是得到郑冲、苏愉的真传（梅赜自己说的师承关系是：郑冲传苏愉，苏愉传梁柳、梁柳传臧曹、臧曹传梅赜）。晋代的君臣对此都信以为真，由此学习研究《尚书》的学者，都以这个伪《孔传》为主，并立学官。只有在南朝梁和南朝陈，这两个朝代，将郑注和伪孔传并立。研究《书》的儒家学者有孔子怯（作《尚书义》、《尚书集注》）、梁武帝（作《尚书问答》）、张讥（作《尚书义》）。只有范宁对今文《尚书》深信不疑，而费甝重新为古文《尚书》作疏。姚方兴也伪造了一篇《舜典孔传》（他自己说是在大航头购买的），这篇伪作对经文妄加增益。（以上是南学）
隋代刘炫得到费甝的疏，并尊崇姚方兴的书，便在《舜典》前增加了十六个字，这时北方的学者才开始研究古文《尚书》而废弃今文《尚书》。
唐代孔颖达本来是尊崇郑玄注的，到了编写《尚书正义》的时候，以伪《孔传》为宗旨排斥郑玄注，由此郑玄注便亡佚了，当时只有刘子玄对伪《孔传》提出过一点点质疑。唐玄宗时，采用卫包的建议，将《尚书》全文由汉代通行的隶书改为唐代通行的楷书，由此《尚书》古文本也亡佚了。
以上就是三国、两晋南北朝、隋、唐时期《尚书》学的流传概况。
（以上这些资料的来源有：《三国志》、《南史》、《北史》中的各个列传、《经典释文》、阎若璩《古文尚书疏证》、惠栋《古文尚书考》、王鸣盛《尚书后案》及《蛾术编》）。
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