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ltrharvest/LTRfinder计算LTR

ltrharvest/LTRfinder计算LTR

作者: pumpkinC | 来源:发表于2022-12-19 17:03 被阅读0次
  1. 使用gt ltrharvest计算基因组中的LTR
/data/mg1/caix/miniconda3/envs/EDTA/bin/gt  ltrharvest -index  Z1v2.fm.fasta  -minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 -motif TGCA -motifmis 1 -similar 85 -vic 10 -seed 20 -seqids yes > Z1v2.fm.fasta.harvest.scn
  1. 使用LTR_FINDER计算基因组中的LTR
/data/mg1/caix/src/LTR_FINDER_parallel-master/LTR_FINDER_parallel   -seq  A03.fm.fasta  -threads  10 -harvest_out -size 1000000 -time 300

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