DeepSTARR可从DNA序列预测增强子的活性并能从头设计合成

DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of synthetic enhancers | Nature Genetics

研究人员建立了一个深度学习模型，DeepSTARR，直接从黑腹果蝇S2细胞的DNA序列中定量预测了数千个发育和管家型增强子的活性。该模型学习了相关的转录因子（TF）模体和高阶语法规则。研究人员在实验中验证了这些规则，并通过测试4万多个野生型和突变型果蝇和人类增强子，证明它们可以推广到人类。最后，研究人员设计并在功能上验证了具有理想活性的合成增强子。