美文网首页
scanpy相关操作

scanpy相关操作

作者: MR来了 | 来源:发表于2022-03-17 22:28 被阅读0次

    基本操作

    ## 读取文件
    import scanpy as sc
    adata = sc.read("/path/00.datasets/HLCA/local.h5ad")
    
    ## 查看meta信息
    adata.obs.head(5)
    
    ## umap图
    sc.pl.umap(adata, color='scanvi_label')
    
    ## 提取数据
    adata_copy = query_data[query_data.obs['new_tcell_num'] == 1]
    
    

    相关文章

      网友评论

          本文标题:scanpy相关操作

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/xtrbdrtx.html