1805年，拿破仑纵横欧洲大陆。尽管已建立庞大的帝国体系，统一法兰西帝国，但他的勃勃野心仍坚定不移。彼时，又派出舰艇“地狱号”准备向南太平洋征战。
以那时的战况来看，在海战方面，能与法国抗衡的唯英国舰队。为挫败拿破仑锐意，英国高层派出舰艇“奇迹号”来拦截“地狱号”，两舰得以在巴西北海岸初次相遇。
故事由此展开。
当时，率领奇迹号的杰克船长收到的命令是，凡发现地狱号踪迹，不问青红皂白，可任意烧毁、抢夺或炮轰与枪击。船长一直自信地认为奇迹号有打击敌人的能力，毕竟，他们携带了28管大炮，且船上197名船员个个骁勇善战。
一个多月之后，奇迹号突遭大雾天气，值星手哈伦发现敌船踪影，但由于大雾遮挡下视线的不确定性，并没有引起杰克的警惕，第一次交锋，奇迹号被地狱号杀了个措手不及。
这一次，英方阵亡九人，二十七人受伤，船身也被炮弹摧毁得破败不堪。
医生斯蒂芬全力投入救死扶伤当中。
杰克不甘，令船员将奇迹号驶往可以隐蔽的浅海湾，在那里，全体人员日以继夜加班修船，很快，奇迹号恢复昔日神彩。
奇迹号加紧了对地狱号的追踪，这期间，杰克也在废寝忘食地研究战术。一天，舵手瓦利找到船长，向他献来地狱号的模型。原来，瓦利的小舅子当年正是地狱号的建筑师，从法国佬那里结业出来以后，他参军加入了奇迹号舰队，凭着自己卓越的记忆力，他造了这座模型。
对此，杰克十分高兴，并尝了瓦利一瓶只有过节才能品尝的朗姆酒。
有模型在手，等于掌握了地狱号的心脏，这样，狙击敌人才能有的放矢。尽管地狱号的构造非常先进，且船上有44管大炮，其数量高过奇迹号一倍，但杰克仍然十分乐观，他认为，只要狂轰船尾，就有取胜的机会。
此后几天时间里，一切风平浪静，趁此机会，奇迹号靠近海岸抓紧补充粮食和淡水，却在交易过程中，听到商人提及三周前有法国舰艇路过的消息。
杰克当机立断，下令中止贸易前去追敌。
追击过程当然不必担忧再遭敌人偷袭，毕竟，人家在前头。
难得有机会放松一下，杰克邀请众军官一起享用了一顿大餐，餐后，大家载歌载舞。没想到的是，杰克与斯蒂芬竟然文武双全，他们一个精通军事，一个精通医术，私下里，两人还是多才多艺的音乐师。
几天之后，再现地狱号踪迹，但此次，它依然占据上风优势。不过，杰克心中有数。他采用迂回战术，先假装撤退。不可一世的地狱号仿佛要吃定奇迹号，竟然阴魂不散在其身后紧紧尾随。
等到黑暗笼罩整个海面之时，杰克部署下一步行动。他命船员放出若干小船，与此同时，又令舵手将大船上所有灯光熄灭。果然，地狱号中了圈套，径直向小船方向驶来。
杰克再下命令调转方向，瞬间，大船朝着上方向靠近，这是为了抢占上风位置，得此优势，才有取胜可能。没料到，狡猾的地狱号很快意识到他的意图，欲趁势逃跑。
杰克誓死要攻下地狱号，于是乘胜追击。但万万没有想到，奇迹号在行进过程遭遇巨大风暴。
霎时间，狂风骤起，海浪奔腾，浩瀚的大海顷刻变得汹涌澎湃。风暴好似一头失控的巨兽，正企图将奇迹号吞噬。
比起敌人的掠夺、杀戮，大自然的狂暴与盛怒更加令人恐惧。
随着船身的不断哆嗦，船员们个个呕吐不止。舵手瓦利在收帆时不慎落入海中，他死死抓住救生索，杰克心急火燎。一开始，他将木桶木板等能够漂浮的东西全部丢入海里，期望瓦利能抓住有利物资逃生。
然而，就在大家全力营救之时，又一个巨浪拍打过来，大船船身立刻倾斜。
船身的另一端刚好连接着救生索，而救生索那一端的船重将加剧大船的倾斜。要营救全船船员，唯有砍断救生索。
危急关头，杰克不得已割断了救生索，瓦利很快被大海吞没。
风暴终于过去，海面恢复平静。然而经历昨晚的九死一生，所有人开始惶恐，军队中有风言风语传开，称杰克是灾星一般的存在。
作为杰克的好友，斯蒂芬也劝诫杰克返航。然而杰克立场坚定，不击败地狱号，誓不回家。
凭借军人敏锐的判断能力，杰克预料地狱号会驶向加拉巴哥群岛，因为英军的捕鲸队就在那里。打仗需要巨额花销，拿破仑一定企图掠夺鲸油来充当战争经费。
听说要去加拉巴哥岛，斯蒂芬异常兴奋。斯蒂芬才华横溢，他不仅会行医，他对各类动物、植物也深有研究。加拉巴哥岛上有许多珍稀动物，去那里，他可以继续他的自然学钻研。
几天之后，奇迹号顺利到达加拉巴哥岛，斯蒂芬一心想在岛上找寻一种不会飞的鸬鹚鸟。
杰克则时刻保持警惕状态。刚上岛不久，收到海中求救信号，原来是捕鲸队的小分队，他们果然遭到地狱号的抢夺。
情况刻不容缓，杰克又下令即刻将船身调转头。
虽然杀敌要紧，但对斯蒂芬而言，刚上岛鸬鹚之事还未开头，现就要撤走，他当然不乐意，于是气冲冲找杰克评理。杰克以其船长身份压制斯蒂芬，斯蒂芬无言以对。
接下来的几天，斯蒂芬与杰克之间相互井水不犯河水，斯蒂芬一心在甲板上绘手稿，杰克则专心于他的军事演习。
斯蒂芬的手稿绘了一堆又一堆，杰克训练下的开炮速度也达到了最理想的标准。
偏偏天公又不作美，接下来几天，每天烈日炎炎。由于上一站仓促赶路，船员们没有准备足够的食物和淡水，现个个面临渴死的危机。
祸不单行的是，军队中又有人散布谣言，称地狱号就是一艘幽灵船，它无懈可击。既然不可能被别人击败，那么沾上它就一定会倒霉。看来，奇迹号的霉运要来了。
当初，正是哈伦第一个发现地狱号，此时，他被当成了瘟神。人们不是对他避之不及，就是处处对他透露出憎恶与鄙夷。哈伦无法承受被孤立的精神重创，抱着铁球投海自尽了。
一场简陋的追悼会之后，奇迹号继续远航，庆幸的是，这次终于迎来了一场大雨，危机解除，杰克将全部精力都投入到如何击败地狱号上，这一次，他志在必得。
然而，意外又再次发生。
就在奇迹号前行途中，一只奇怪的鸟一直围绕着船身飞行，斯蒂芬被它吸引，跟随它的踪迹在甲板行走。此时此刻，一位军官也正举枪打算将鸟打死，因为船身晃动，子弹偏离打中了斯蒂芬的小腹。
斯蒂芬是奇迹号上唯一的医生，除他之外，没人能胜任这项神职。希根略懂医术，但他不会手术。
斯蒂芬危在旦夕，杰克心急如焚。为了挽救挚友的生命，杰克作出了重要决定，奇迹号再次退回到加拉巴哥岛。
在平静的岛上，顽强的斯蒂芬医生利用镜子的反光为自己取出子弹，手术非常成功，斯蒂芬得救。
此时离追击地狱号又耽搁了好几周时间，再次追踪如同大海捞针。眼见追凶无望杰克也作好了回家的打算。如果能侥幸等来英法合谈的好消息，则队员也可免受战争之苦。
就这样，大家在岛上过了几周安稳日子，逐渐康复的斯蒂芬也如愿在岛上找到了一系列新奇动物。他将它们记录在册，并一一为它们命名。
唯一遗憾，是他一直没有找到那种不会飞的鸬鹚。因此，他决定冒险到三十英里以外岛屿的另一端去找寻。
当他爬到岛屿的最高处时，赫然发现正在此地补充物资的地狱号分船。
不敢有丝毫怠慢，斯蒂芬以迅雷不及掩耳之势将消息传送至奇迹号。
这一重要情报让杰克黯淡下去的决心又重新复燃起来。当听说斯蒂芬为了报信方便，途中放生了所有抓获到的生物，他异常感动。当晚，他特别到斯蒂芬营中道谢。
当他看到斯蒂芬抓回来的伪装成树枝的竹节虫时，他受到了启发，一个全新的计划在心中酝酿开来。
隔天，他号召全体船员，将船身稍加改装，伪装成捕鲸的“妖女号”。地狱号果然中招，它大摇大摆驶过来，并向“妖女号”鸣炮示威。妖女号一副慌里慌张逃命状，船身更是一个劲的摇摇晃晃。
以为妖女不堪一击，地狱号全体放松警惕。
他们悠哉游哉前行，岂料“妖女”突然作妖，一通猛烈的枪击炮轰，地狱号船尾被炸穿了一个大窟窿。船帆落下，船尾半截坠入大海。
地狱号一片混乱，杰克率领一众海员冲入敌军要塞。
生死肉搏之下，英军又从地狱号救出被关押的30名捕鲸船员。内援加持，杰克如虎添翼。又是一番浴血奋战，一度被誉为不可战胜的地狱号就此缴械投降。
杰克四处寻找地狱号船长，却从狄医生口中得知，船长已在战争中丧生。
回到奇迹号，杰克组织英军为战死的将士举办追悼会，将他们的尸身装入裹尸袋后，放他们融入大海。
战争胜利，杰克将奇迹号部分成员分配至地狱号上，封他的副手普灵为地狱号新船长。所有将战利跟随俘获的地狱号开往英属港口。自己和斯蒂芬则返回加拉巴哥岛，斯蒂芬放生的动物可以重新寻找。
启航至半程，杰克无意中从斯蒂芬口中得知，地狱号上的狄医生在三个月前已经病逝，杰克惊愕，原来地狱号上伪装行医的狄医生正是船长。
这一次，斯蒂芬主动提出调转船头……
故事就此剧终。
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