之前使用的samtools cat合成补测的样本，但是跑ccs生成ccs.bam的会报错，某个bam的id找不到，查询后发现需要使用pbmerge，
因此需要下载SMRT工具使用，下载官网上的软件包
image.png
使用这个命令安装cmd命令
image.png
~/software/smrttools/smrtcmds/bin/
在这里路径下调用命令
然后你会发现，还是没有pbmerge
后来谷歌到
pbmerge属于pbbam
后面我发现pacbio的工具可以通过conda安装
所以只要使用 conda Install pbbam
就可以使用pbmerge了
之前使用的samtools cat合成补测的样本，但是跑ccs生成ccs.bam的会报错，某个bam的id找不到，...
使用软件SMRTlink 9转换。 PacBio官网下载SMRTlink 9， https://downloads...
PacBio官网下载https://www.pacb.com/support/software-downloads...
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本文标题：SMRTlink二三事-pbmerge
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