美文网首页
生信地基系列--生信格式互转

生信地基系列--生信格式互转

作者: 可能性之兽 | 来源:发表于2022-08-22 12:00 被阅读0次

    格式互转大全

    image.png

    其他工具基本都是有名的存在,就不怎么介绍了,主要介绍最后面几个

    bed文件转成等bin的bedgraph格式 - 简书 (jianshu.com)

    image.png

    其中的UCSCtools是指:USUC提供的系列工具UCSCtools
    对这三种文件格式进行相互转换与处理。常用工具包括:WigTobigWig、bigWigToWig、bigWigToBedGraph、bigWigSummary、bigWigAverageOverBed、bigWigInfo等。

    bedGraphToBigWig :Convert a bedGraph file to bigWig format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig

    bigWigToBedGraph :Convert from bigWig to bedGraph format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToBedGraph

    bigWigToWig :Convert bigWig to wig. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToWig

    bigWigSummary :Extract summary information from a bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigSummary

    bigWigAverageOverBed :Compute average score of big wig over each bed, which may have introns. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigAverageOverBed

    bigWigInfo :Print out information about bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigInfo

    其他

    生信地基系列--生物信息学参考基因组,格式和起始位置 - 简书 (jianshu.com)

    [生信资料 3] 生物信息学常见数据格式,汇总! - 知乎 (zhihu.com)

    wig、bigWig(bw)和bedgraph(bdg)文件详解 - 简书 (jianshu.com)

    相关文章

      网友评论

          本文标题:生信地基系列--生信格式互转

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/xwqggrtx.html