美文网首页
2020-04-14

2020-04-14

作者: 德先森的书 | 来源:发表于2020-04-14 16:25 被阅读0次

title: "R_basic"
author: "Mande Xue"
date: "2020/4/14"
output:
html_document: default
(所有代码参考自生信宝典-R学习教程)


knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.

When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

#creat a vector
a <- c(rnorm(5), rnorm(5,1),runif(5),runif(5,-1,1),1:5, rep(0,5),c(2,10,11,13,4),scale(1:5)[1:5])
a
# ncol = 5 , 
# byrow = T, fill the matrix by row
a <- matrix(a, ncol = 5, byrow = T)
a
# 按行加和
# rowSums(a)

#去除全部为零的行

a <- a[rowSums(abs(a))!= 0,] 
a

a*2

log2(abs(a)+1)


apply(a,2,var)
# 1 按行
# 2 按列
apply(a,1,mean)

b = a[apply(a,1,mean) > 0,]
b
# order函数 排序

# mad 中值绝对偏差
order(apply(b,1,mad),decreasing = T)

c = b[order(apply(b,1,mad),decreasing = T),]
c
# 添加行名
rownames(c) <- paste("Gene",letters[1:nrow(c)],sep = "_")
# 添加列名
colnames(c) <- toupper(letters[1:ncol(c)])

c
#转置
expr = t(c)
expr
#矩阵操作
expr2 =expr
expr2[expr2 < 0] = 0
expr2
expr2 <- as.data.frame(expr2)
str(expr2)

#利用列名当索引
expr2[expr2$Gene_c < 1 ,"Gene_b"]<-1
expr2
# 读入样品信息
sampleInfo = "Samp;Group;Genotype
A;Control;WT
B;Control;WT
D;Treatment;Mutant
C;Treatment;Mutant
E;Treatment;WT
F;Treatment;WT"
phenoData = read.table(text=sampleInfo,sep=";", header=T, row.names=1, quote="")
phenoData
#  %in% 函数的过滤功能
phenoData = phenoData[rownames(phenoData) %in% rownames(expr),]
phenoData
# merge matrix
# by = 0,按行的名字排序
# by = columnname 按照共有的某一列合并

merge_data <- merge(expr,phenoData,by = 0, all.x = T)
merge_data



rownames(merge_data) <-merge_data$Row.names
merge_data

merge_data[,-1]
merge_data


merge_data[sapply(merge_data, is.numeric)]

相关文章

  • 2020-04-15

    2020-04-14 2020-04-14 成长日志第300天 家名:温暖有爱之家 家规:真诚待人不自欺,学会看见...

  • 【连载】04| 2020-4月高次元传讯对全球分享 (四)-唤醒

    鼎心人类图 已关注 0.263 · 字数 1255 · 阅读 109 2020-04-14 21:38 导言 唤醒...

  • 努力NO.150

    2020-04-14 星期二 晴 努力NO.150 这两个月虽然天天呆在家里,但是感觉时间过的好快,转...

  • 我太敏感 所以只能写下来

    2020-04-14 高中时候,自己还很开朗,虽然每个年龄段都有烦恼,可是终究抵不过长大的烦恼。 有人说,中文系的...

  • 2020-04-14

    李文扬《疫情逆境下的硬核生存商业法则》 稷下书院:田其文国医365@ 简书作者:田其文 2020-04-14 22...

  • 角色扮演--宝贝成长记录13

    2020-04-14 lucky3岁4个月29天 角色扮演: 在家里玩医生和病人,老师和学生游戏 全程英文 Ali...

  • 失败者日记

    2020-04-14 在凌晨不知几点醒了一次,感觉闹钟应该快想了,等着又睡着了。 在06:27分再次醒过来。 今天...

  • 新画作:小猫与毛线球

    2020-04-14 最近在小妮妮的打击下,画画的积极性大大降低,本来不想画了,在她的逼迫下,完成这周的作业。不过...

  • 为什么焦虑,如何解决

    文/子清 2020-04-14 很有意思的是当下,很多人都感到各种焦虑。 现象学大师胡塞尔说“回到事物本身”。意思...

  • 【日更1】读书笔记,一起学习,一起进步

    《这样读书就够了》读书笔记(一) 2020-04-14 这本书是我的主题阅读读的第一本书。这本书...

网友评论

      本文标题:2020-04-14

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/xwstvhtx.html