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在线数据库发5分文章的正确姿势

在线数据库发5分文章的正确姿势

作者: 医科研 | 来源:发表于2020-03-06 14:11 被阅读0次

    文章基本信息

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    分享2019年12月发表在 Cell Proliferation杂志的一篇论著文章,全文使用网络在线数据库进行研究。2019年影响因子刚好5分。


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    杂志的影响因子趋势,2018年就接近5分了,2019年5分,似乎还是很靠谱的吧。(注:影响因子查询来源于GeenMedical网站)

    摘要

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    文章从一个基因家族出发,然后找到一个基因觉得很重要,研究了其表达和预后情况, 请注意方法部分使用的是 一系列的生物信息学工具。结果我就不描述了,我不看大概也知道是那些内容。

    结果分析

    初步分析基因家族表达

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    这一步就是Oncomine+TCGA看表达情况.

    锁定目标基因验证

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    从上一步分析中锁定了一个基因 PKMYT1,然后就用Oncomine中的表达差异数据集提取出来验证其表达。

    分析目的基因突变及预后

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    进一步选择了 cBioportal,COSMIC,Kaplan-Meier数据库分析其突变,及预后。几个就是下面这样的图:


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    目的基因与临床相关性

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    目的基因的相关功能分析

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    这个结果也很简单,两次共表达分析,挑出共同的基因,做功能富集分析。

    共表达网络构建

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    相关性共表达

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    这个几个就是挑出来一个共表达的基因。实际上这么做的结果并没有很好。GEPIA的结果显示的R只有0.38

    关联基因的表达与预后分析

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    这个思路也很简单,把关联的这个基因的表达预后也拿出来研究一遍,验证。(全文到此结束了)

    总结思考

    • 文章全文应用生物信息学工具完成整个研究内容的分析探索,没有任何实验验证。发表在5分的杂志上。吊打了很多整了半天R语言,又是Lassso,又是SVM的各种花哨

    • 所有说,做一件事情要投入自己的热情,专心致志的去做,今天学R语言,明天spss,后天SAS。搞了半天,啥也没学会,然后又开始慌。我觉得这位同学做完这一系列的工作之后是踏实的,至少他不用再去慌了。

    • 当然了,说归说,要完成整个研究内容,整理数据,撰写文章,投稿,修稿。这一系列的过程肯定也有很多艰辛。

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    参考文献

    [Cell Prolif.]Systematic expression analysis of WEE family kinases reveals the importance of PKMYT1 in breast carcinogenesis.

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