多重耐药肺炎克雷伯菌ST15单质粒载体毒力与多重耐药的融合（耐药

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微生物基因组案例解读

Convergence of virulence and MDR in a single plasmid vector in MDR Klebsiella pneumoniae ST15

多重耐药肺炎克雷伯菌ST15单质粒载体毒力与多重耐药的融合

作者：Margaret M C Lam等

期刊：J Antimicrob Chemother

时间：2019.2.15

影响因子：5.113

DOI：10.1093 / jac / dkz028

高通量测序方法：使用Illumina和Oxford纳米孔测序法解析了两个分离物的完整基因组序列，包括它们的质粒。

需要的方法：使用Kleborate v0.3.0（13）提取了13种基因分型信息，包括MLST, capsule type, AMR and virulence gene检测（https://github.com/katholt/Kleborate）并用于整理质粒中相关基因座的注释。

研究思路：分别在Illumina MiSeq和HiSeq平台上针对12个ST15 Kp分离株测序。为了解析菌株的完整质粒序列，在MinION（Oxford Nanopore Technologies）上进行长读长测序，并与Illumina的短读物结合以产生杂合体。比较基因组分析：2003至2015年从七家医院分离出的10个ST15菌株、报告Kp ST15基因组序列的论文中鉴定出的公开数据、EuSCAPE欧洲公司调查产生碳青霉烯酶的肠杆菌科收集的Kp基因组数据鉴定ST15分离株，用于比较基因组分析。将所有序列定位到KP_104014的基因组，推断核心基因组最大似然系统发育。从定位数据还得到pKp104014_1序列的覆盖范围，KP_104014的hv-MDR质粒的覆盖范围以及在pKp104014_1中注释的基因。

1 hv-MDR质粒图谱，显示了与使用Mauve生成的AMR（pKp_Goe_579-1）和毒力（pK2044）质粒密切相关的同源区域

2 使用核心基因组SNP进化树分析，挪威镶嵌hv-MDR菌株KP_NORM_BLD_2014_104014和KP_NORM_BLD_2015_112126分别标记为A和B，并在灰色框中与相关的罗马尼亚分离株一起突出显示。显示这两个挪威hv-MDR分离株彼此密切相关（77个SNP，0.001％核苷酸差异），并与2013年从罗马尼亚采集的尿液分离物（110个SNP）密切相关，但相距甚远（差异> 0.003％）来自其他挪威和全球隔离株。