问题最初产生于conda安装了java-jdk和fastqc后,fastqc仍然无法使用,用java --version
确认之后发现java的VM存在问题。
于是手动下载了JAVA20,将路径加到了~/.bashrc
中:
export JAVA_HOME=/home/ying/tools/jdk-20.0.1/
export PATH="$JAVA_HOME/bin:$PATH"
source后可以使用了,但是在生成html summary的时候,出现了以下错误:
经搜索发现大概是font字体问题,但是因为不是conda路径安装的java,所以conda install contconfig
无效,没有root权限所以也无法sudo apt安装。
于是从https://www.java.com/en/download/manual.jsp下载了jdk8,在jre1.8.0_371/lib/ 路径下找到了fontconfig.bcf和fonts/, 并把这些文件/文件夹复制到了JDK20(或者JDK17,都是一样的问题)的lib文件夹下。
再次运行fastqc,可以运行。
网友评论