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FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerE

FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerE

作者: 生信编程日常 | 来源:发表于2023-06-25 15:38 被阅读0次

问题最初产生于conda安装了java-jdk和fastqc后,fastqc仍然无法使用,用java --version确认之后发现java的VM存在问题。
于是手动下载了JAVA20,将路径加到了~/.bashrc中:

export JAVA_HOME=/home/ying/tools/jdk-20.0.1/
export PATH="$JAVA_HOME/bin:$PATH"

source后可以使用了,但是在生成html summary的时候,出现了以下错误:


经搜索发现大概是font字体问题,但是因为不是conda路径安装的java,所以conda install contconfig无效,没有root权限所以也无法sudo apt安装。

直到看到了一个这样的回答:https://stackoverflow.com/questions/76356076/cannot-load-from-short-array-because-sun-awt-fontconfiguration-head-is-null-th

于是从https://www.java.com/en/download/manual.jsp下载了jdk8,在jre1.8.0_371/lib/ 路径下找到了fontconfig.bcf和fonts/, 并把这些文件/文件夹复制到了JDK20(或者JDK17,都是一样的问题)的lib文件夹下。

再次运行fastqc,可以运行。

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