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如何快速从转录组数据中筛选目标基因!

如何快速从转录组数据中筛选目标基因!

作者: 组学大讲堂 | 来源:发表于2019-04-23 09:20 被阅读39次

    如何从海量高通量测序数据中筛选出目标数据?这是困扰大多数老师的一个难题!

    小编以一个excel的简单函数为例,演示一下如何从表格中快速筛选感兴趣的基因等信息。

    函数的名称是VLOOKUP函数,该函数是Excel表中的一个纵向查找函数,学会该函数之后,可以方便我们从所有基因的结果中筛选我们关心的基因相关信息,比如:基因的长度、基因在样品中的表达量、基因的注释等等信息

    VLOOKUP函数需要输入4个值:

    1、要查找的值,比如:基因的ID;

    2、需要查找的区域;

    3、区域中包含返回值的列号,也就是找到相关值之后返回第几列的信息;

    4、精确匹配或者近似匹配,一般我们选择精确匹配。精确匹配采用0/FALSE、近似匹配采用1/TRUE。

    一般来说,我们做完转录组测序,都会有一个总表,表里有所有基因的ID、长度、表达量、差异倍数、注释信息等等,表格很大,内容很多。

    如果我们想提取某些差异基因的基因长度信息,那么我们该如何操作呢?

    我们需要在需要提取长度信息的差异基因表中加上一列gene_length列。

    然后插入VLOOKUP函数,按要求输入4个参数,点击确定即可。

    以上是利用基因ID在总表中查找一列信息,比较简单。如果我们想查找多列信息该如何操作呢?

    方法相似,我们可以在总表中插入deg_gene列,然后去差异基因表中查找基因ID即可,具体操作如下:

    到这里,一个简单的Excel表筛选基因信息的方法就介绍完了,实际上在公司给出转录组标准分析之后,很多个性化都可以由自己解决,您需要的仅仅是高手领进门!

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