Linux环境下的Miniconda的安装及使用

1. Minoconda简介

Conda是一个包，依赖和环境管理工具，适用于多种语言，如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN等，Conda包括Conda、Miniconda和Anaconda，这里我们选择学习miniconda。

2. Miniconda下载

2.1 1.查询linux 版本为 x86_64

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2.1.2 利用wget命令下载Miniconda

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Miniconda下载链接为：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

3. Miniconda安装及添加镜像

3.1 用bash命令安装Miniconda

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3.2 激活Miniconda：source ~/.bashrc

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4. Miniconda使用

4.1 查看当前所有软件列表: conda list

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4.2 搜索软件:conda search

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4.3 安装软件：conda install

练习conda install fastqc -y（自动安装最新版）

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4.4 卸载软件 conda remove

练习：conda remove fastqc -y

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5. 定制“分身”

5.1 查看当前conda环境：conda info --envs

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5.2 以转录组数据，建立一个RNA-seq的conda环境

并指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

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5.3 再次查看conda环境：conda info --envs

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5.4 激活该新的conda环境：conda activate rna-seq

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附思维导图一张

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