【R语言学习】生信人应该这样学R语言--学习笔记（3）

33. 多个探针对应同一个基因取最大表达量探针极简代码

34. 学习资源：

    • 极客RrR<<-数据分析之道
    • 统计学基础：生物统计第一弹之统计基础概念
    • StatQuest统计相关视频
    • 可视化：STHDA
    • Bioconductor 2018 Workshops
    • Basic plot in R for biotrainee、2
    • basic_visualization_for_expression matrix
    • ggplot2练习
    • 如何通过Google来使用ggplot2可视化
    • rmarkdown-cheatsheet
    • ggplot2-cheatsheet

35. 看分布数目：table(a[,8] == "RNA-Seq");

    返回行号：which(a[,8] == "RNA-Seq")或者grep("RNA-Seq",a[,8] （grepl("RNA-Seq",a[,8]返回T或F）；

    获取行：b<-a[which(a[,8] == "RNA-Seq"),] 或者b<-a[a[,8]=="RNA-Seq",]。

36. t.test(a,b) t检验

37. sub("PE","",tmp) 替换；

38. unique(sub("PE","",tmp))

39. boxplot(log(exprSet+1)) 注意要＋1；

40. exprSet<-exprSet[apply(exprSet,1,function(x) sum(x>1) > 5),]

41. a<-read.csv("*.csv",stringsAsFactors)<-F)

42.略

43. vignette()查看某个包的帮助文档。如vignette("stringr")

44. ggpubr boxplot 搜索

45. shiny交互网页

46. localhost 查看服务器

47. HTML](https://www.w3school.com.cn/html/index.asp)及HTML DOM基础知识，实例：peerJ期刊探索、爬取开放期刊影响因子及审稿时长等

48. ID转换大全

49. R语言中的排序，集合运算，reshape，以及merge总结

50. 对entrez ID 跟symbol表示的基因进行KEGG注释

51. 传送门、生信编程题目

52. R基础绘图：

    text(a,b,,labels=" ",font=1，...) #a,b指坐标，font字体，cex方法倍数，pch符号（点的样式），lty线的类型，lwd线的宽度

    rug(cars$dist,side = 2) rug坐标轴及密度，bty边框

    grid(nx=NA, ny=8, lwd=1, col='skyblue') grid网格

    type=p、l、c、s等： 点、线、其他

    plot(pv~uv,xlab=R.version.string,ylab = Sys.time()) Sys.time()

    pv <- sample(100,10) sample()

    segments(pv[1],uv[1],pv[5],uv[5]) 线段

    arrows(1,3,8,3,angle = 60);text(9,3,'angle=60') 箭头类型 angle=0,30,60,90

    lines() 折线图， barplot()柱状图(beside=T)、条形图(horiz=T)，

    #设定颜色
    library(RColorBrewer)
    col <- brewer.pal(11,'Spectral')[1:11]
    

    title(main= ,sub= )

    #ggplot作图
    ggplot(mpg, aes(displ, hwy,color=class)) +
      geom_point() +
      facet_wrap(~class)
    
    ggplot(mpg, aes(hwy)) + geom_histogram()  #直方图
    ggplot(mpg, aes(manufacturer)) + geom_bar()  #柱状图
    ggplot(mpg, aes(hwy)) + geom_freqpoly()  #频率多边形
    ggplot(economics, aes(date, unemploy / pop)) +geom_line()  #时间序列
    ggplot(economics, aes(unemploy / pop, uempmed)) + geom_path()  #路径图
    

53. P13、P20（10min）、P31-33习题讲解 暂时跳过

54. 安装包常用命令：

install.packages(" ",repos = "http://mirror./////")

BiocManager::install(" ")

devtools::install_github("davidgohel/ReporteRs")