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环境微生物的代谢

环境微生物的代谢

作者: 赵会成 | 来源:发表于2019-05-28 17:17 被阅读0次

http://blog.sciencenet.cn/blog-565899-1082637.html

CAZY数据库

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2686590/

http://www.cazy.org/

次级代谢产物的概念

对于微生物来说,生长到一定阶段才产生的化学结构十分复杂、对该生物无明显生理功能,或者并非是微生物生长和繁殖的必须物质,就是次级代谢产物。次级代谢产物的分类非常多,一般由多基因控制,其编码基因通常在基因组中成簇存在,编码具有多种功能的复合酶。这个基因簇就是次级代谢产物合成基因簇。

其中PKS和NRPS是目前研究的最多的两类次级代谢产物,即聚酮合成酶和非核糖体肽合成酶。

PKS和NRPS复合酶的基因主要是由连续的模块(module)构成的,每个模块具有它各自的功能,含有对应的结构域(domain),一个基因可能会有多个模块,一种次级代谢产物的合成由多个基因共同控制。PKS的主要结构是酰基转移酶(AT)、酮基合酶(KS)、酰基载体蛋白(ACP),另外可能还会有一些非必需的结构域,1~3个修饰酮基的结构域,酮基还原酶(KR)、脱水酶(DH)、烯酰基还原酶(ER)。NPRS的主要结构域是由腺苷酰化结构域(A)、缩合结构域(C)、肽酰载体蛋白结构域(PCP/T),还会有些非必需的结构域:差向异构化(E)、N甲基化、氧化等修饰结构域。

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3406804&do=blog&id=1156761

http://125.75.235.126:1517/xdnyzy/ZYKC201330-A04-%E6%A4%8D%E7%89%A9%E4%B8%8E%E6%A4%8D%E7%89%A9%E7%94%9F%E7%90%86-%E7%BD%91%E7%BB%9C%E8%AF%BE%E7%A8%8B-%E6%88%90%E6%9E%9C/ZYKC201330-A04-%E6%A4%8D%E7%89%A9%E4%B8%8E%E6%A4%8D%E7%89%A9%E7%94%9F%E7%90%86-%E6%99%AE%E9%80%9A%E7%BD%91%E7%BB%9C%E8%AF%BE%E7%A8%8B/scos/ZYKC201330_A04_15_1_2/index.html

http://www.spkx.net.cn/fileup/HTML/20161149.shtml

http://www.cugb.edu.cn/research/kdetail.action?id=23260

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