snpEff的conda版本使用

有时候真的有点讨厌用别人写的包，折腾半天发现对自己没有啥用，但是还是记录一下，大半天的时光不能这么白费了

参考这位的使用
SnpEff使用方法 - 简书 (jianshu.com)

由于我是使用conda进行安装了snpEff，但是市面上的教程基本都是直接下载了snpEff（包括官方），所以很多时候他们的操作让你摸不到头脑。不知道自己搞的对不对。

conda install -y snpeff

因为我是要从头构建注释基因集，所以它自带的数据库对我就没有什么用

而第一步便是要找到snpEff.config这个文件进行添加
这个文件在哪呢？

我的是在下面这个这个文件，如果你使用conda安装的，基本就是在minicondas下面pkgs里面的snpeff开头的文件夹里面，然后依次往下找就是了

cd ~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-hdfd78af_1/share/snpeff-5.0-1/snpEff.config

### 便会看到这几个文件夹和文件

scripts  snpEff  snpEff.config  snpEff.jar

假设我要构建的基因组叫Mofu

1.追加一行文件内容到snpEff.config

 echo "Mofu.genome: Mofu" >> snpEff.config  

2.就在含有snpEff.config那个地方，创建个文件夹data

然后在data里面又创建两个文件夹Mofu，genomes

    Mofu/   genomes/
    这两个文件夹中，分别放置了GfF文件和基因组文件
    genes.gff sequences.fa ##无论原名是啥都改为这个

3.就在含有snpEff.config那个地方,执行命令构建数据库

snpEff build -c snpEff.config -gff3 -v data
## 或者
java -jar snpEff.jar build -c snpEff.config -gff3 -v data

4.注释

snpEff  eff -c ~/miniconda3/pkgs/snpeff-5.0-hdfd78af_1/share/snpeff-5.0-1/snpEff.config  Mofu_positive.vcf > positive.snp.eff.vcf -csv Stats positive.csv -stats positive.html

如果遇到任何的报错，按照它的提示一般能够改正
但是结果是出我意料的对我没用，还得自己写