更新基础conda，新版本conda使用起来更快
conda update -n base -c defaults conda
conda update r-base
Conda默认的源访问速度有些慢，可以增加国内的源；另外还可以增加几个源，以便于安装更多的软件，尤其是bioconda安装生信类工具。conda-forge通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通道里面的通用型软件。r通道是向后兼容性通道，尤其是使用R3.3.1版本时会用到。
清华镜像具体见https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ (有时清华镜像也不稳定，不稳定时直接用官方镜像，早上下载速度还是好的)。
conda config --add channels r # Optional # Lowest priority
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# Anocanda清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
# 清华通道, 最高优先级
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
注意通道的顺序是会影响solving environment和软件包下载的速度的。
# 显示已有的通道
conda config --get channels
- 创建R环境 Reference1
# Create a new conda environment called r,并且在里面安装anaconda
conda create -n r anaconda
# Switch to r environment
source activate r
# 在新环境里面安装R Installs R
conda install -c r r
# Install R kernel for IPython notebook
conda install -c r r-irkernel
# Install ggplot
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot
# 最后退出新环境
source deactivate r
列出所有的环境
conda env list
# conda environments:
#
/anaconda2
/anaconda2/envs/lefse
/anaconda2/envs/metagenome_env
/anaconda2/envs/metawrap
/anaconda2/envs/prokka_env
/anaconda2/envs/py3
/anaconda2/envs/r-environment
/anaconda2/envs/reseq
/anaconda2/envs/sourmash_env
/anaconda3/envs/qiime2-2020.6
2.4.5 移除某个conda环境
如果环境不需要了，或出了错，则可以移除。比如需要移除phylo环境，执行conda remove -n phylo --all。
2.4.6 Conda配置R
在添加了不同的源之后，有些源更新快，有些更新慢，经常会碰到版本不一的问题。而且软件版本的优先级，低于源的优先级。保险期间，先做下搜索，获得合适的版本号，然后再选择安装。
conda search r-essentials
r-essentials 1.0 r3.2.1_0 r
1.0 r3.2.1_0a r
1.1 r3.2.1_0 r
1.1 r3.2.2_0 r
1.1 r3.2.1_0a r
1.1 r3.2.2_0a r
1.1 r3.2.2_1 r
1.1 r3.2.2_1a r
1.4 0 r
1.4.1 r3.3.1_0 r
1.4.2 0 r
1.4.2 r3.3.1_0 r
1.4.3 r3.3.1_0 r
1.5.0 0 r
1.5.1 0 r
1.5.2 r3.3.2_0 r
1.5.2 r3.4.1_0 r
1.6.0 r3.4.1_0 r
1.0 r3.2.1_0 defaults
1.0 r3.2.1_0a defaults
1.1 r3.2.1_0 defaults
1.1 r3.2.2_0 defaults
1.1 r3.2.1_0a defaults
1.1 r3.2.2_0a defaults
1.1 r3.2.2_1 defaults
1.1 r3.2.2_1a defaults
1.4 0 defaults
1.4.1 r3.3.1_0 defaults
1.4.2 0 defaults
1.4.2 r3.3.1_0 defaults
1.4.3 r3.3.1_0 defaults
1.5.0 0 defaults
1.5.1 0 defaults
1.5.2 r3.3.2_0 defaults
1.5.2 r3.4.1_0 defaults
1.6.0 r3.4.1_0 defaults
1.5.2 r3.3.2_0 conda-forge
1.5.2 r3.3.2_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
从上面可以看到清华的源版本同步于conda-forge, 都比较老，还是指定r通道安装。
conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0
R会安装于conda_path/envs/r/bin中，软链到位于环境变量的目录中即可正常使用。这就是环境变量的活学活用。
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关于C语言学习书籍，最最权威的当然是C语言的发明者Dennis M. Ritchie所著的《The C Programming Language》（它也有中文版的），除此之外《C Primer Plus》也很系统全面。
关于C++的学习书籍，最权威的当属C++的发明者Bjarne Stroustrup大佬所著的《The C++ Programming Language》，但是很明显这本书不适合初学者，更加适合的还得是《C++ Primer》，也很系统全面。至于再深入可以继续阅读诸如《Effective C++》、《STL源码剖析》、《深度探索C++对象模型》等书籍。
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